Nguồn tài chính của Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội gồm kinh phí do ngân sách nhà nước cấp; các nguồn thu sự nghiệp; các khoản tài trợ, viện trợ, quà biếu, tặng của các cá nhân, tổ chức trong và ngoài nước và viện trợ phi chính phủ nước ngoài; nguồn tài chính khác.
Trong đó, ngân sách nhà nước đảm bảo hỗ trợ 50% kinh phí hoạt động thường xuyên trong giai đoạn 2021 - 2025 (không tính phần hỗ trợ của phía Cộng hòa Pháp). Mức hỗ trợ của ngân sách nhà nước trong các năm tiếp theo sẽ được xem xét dựa trên hiệu quả hoạt động của giai đoạn 2021 - 2025, sự cần thiết và cân đối chung với Trường Đại học Việt Đức và Trường Đại học Việt Nhật.
Mức hỗ trợ từ ngân sách nhà nước cho hoạt động thường xuyên của Trường được tính toán căn cứ mức thu học phí, giá dịch vụ đào tạo và tổng quy mô đào tạo hàng năm của Trường.
Trường được tự chủ xây dựng và quy định các mức thu (học phí, lệ phí tuyển sinh) phù hợp với chất lượng đào tạo, dịch vụ. Căn cứ chi phí đào tạo tính toán dựa trên định mức kinh tế - kỹ thuật, Hiệu trưởng Trường tổ chức xây dựng các mức thu, trình Hội đồng Trường thông qua và báo cáo Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam xem xét, phê duyệt. Trường có trách nhiệm công khai mức thu học phí và lệ phí tuyển sinh theo quy định.
Đối với các khoản thu học phí, lệ phí tuyển sinh và thu sự nghiệp khác, Trường quản lý và sử dụng theo quy định hiện hành. Trường được quyết định sử dụng các khoản thu này để chi cho các hoạt động của Trường trên cơ sở Quy chế chi tiêu nội bộ, đảm bảo công khai, minh bạch và hiệu quả.
Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội được tự chủ các khoản: Chi thường xuyên (chi tiền lương, tiền công, chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý); chi nhiệm vụ không thường xuyên; chi học bổng khuyến khích học tập; miễn, giảm học phí phần chênh lệch giữa mức hỗ trợ của Nhà nước theo quy định với mức học phí của Trường; chi hỗ trợ sinh viên có cha mẹ thuộc hộ nghèo, cận nghèo và gia đình sinh viên có khó khăn về kinh tế; thực hiện chính sách miễn, giảm, hỗ trợ chi phí học tập cho sinh viên, các hoạt động hỗ trợ khác cho sinh viên từ các Quỹ hỗ trợ sinh viên...
