Sau đó, Quốc hội biểu quyết thông qua Nghị quyết về cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ 2021-2026 với tỷ lệ 100% đại biểu có mặt tán thành. Cụ thể có tổng số 470/470 số phiếu tán thành, đạt tỷ lệ 94,19% (tính trên tổng số đại biểu Quốc hội). Nghị quyết này có hiệu lực thi hành kể từ khi được Quốc hội biểu quyết thông qua.
Trước đó, theo tờ trình của Chính phủ, căn cứ Kết luận của Bộ Chính trị tại Văn bản số 1108-CV/VPTW ngày 23/6/2021 của Văn phòng Trung ương Đảng về cơ cấu tổ chức của Chính phủ khóa XV, đã chỉ đạo "trước mắt giữ ổn định về tên gọi, cơ cấu tổ chức, số lượng các bộ và cơ quan ngang bộ của Chính phủ khóa XV nhiệm kỳ 2021-2026 như khóa XIV", Chính phủ đề nghị Quốc hội xem xét quyết định cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XV giữ ổn định như khóa XIV có 22 cơ quan, gồm: 18 bộ và 4 cơ quan ngang bộ.
Cụ thể, 18 bộ gồm: Bộ Quốc phòng; Bộ Công an; Bộ Ngoại giao; Bộ Nội vụ; Bộ Tư pháp; Bộ Kế hoạch và Đầu tư; Bộ Tài chính; Bộ Công Thương; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Bộ Giao thông vận tải; Bộ Xây dựng; Bộ Tài nguyên và Môi trường; Bộ Thông tin và Truyền thông; Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội; Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Bộ Khoa học và Công nghệ; Bộ Giáo dục và Đào tạo; Bộ Y tế.
4 cơ quan ngang bộ gồm: Ủy ban Dân tộc; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; Thanh tra Chính phủ; Văn phòng Chính phủ.
Thẩm tra Tờ trình này, Ủy ban Pháp luật nhất trí phương án giữ cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XV như nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIV, gồm 18 bộ, 4 cơ quan ngang bộ. Việc giữ ổn định cơ cấu tổ chức của Chính phủ sẽ là cơ sở để tiếp tục phát huy ưu điểm và kết quả hoạt động của Chính phủ đã đạt được trong nhiệm kỳ khóa XIV, bảo đảm yêu cầu chỉ đạo, điều hành trong điều kiện Chính phủ tập trung thực hiện "mục tiêu kép".
Ủy ban Pháp luật cũng lưu ý Chính phủ cần xây dựng lộ trình tiếp tục thực hiện việc kiện toàn cơ cấu tổ chức của Chính phủ để đáp ứng đầy đủ yêu cầu của Nghị quyết số 18-NQ/TW của Hội nghị Trung ương 6 (khóa XII) và Nghị quyết số 56/2017/QH14 ngày 24/11/2017 của Quốc hội, trong đó có yêu cầu "một cơ quan thực hiện nhiều việc và một việc chỉ giao cho một cơ quan chủ trì thực hiện và chịu trách nhiệm chính", "tiếp tục nghiên cứu làm rõ cơ sở lý luận và thực tiễn về phạm vi quản lý đa ngành, đa lĩnh vực của một số bộ, ngành, nhất là những bộ, ngành có chức năng, nhiệm vụ tương đồng, trùng lắp để có giải pháp phù hợp và thực hiện kiện toàn, sắp xếp tổ chức, thu gọn đầu mối trong nhiệm kỳ tới… ".
Việc "đẩy mạnh phân cấp, phân quyền" cần gắn với các điều kiện bảo đảm thực hiện, xóa bỏ cơ chế "xin - cho", đề cao trách nhiệm của các bộ, tăng tính chủ động, tự chủ, tự chịu trách nhiệm của chính quyền địa phương; đồng thời, tăng cường kiểm tra, giám sát trong việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được phân cấp, phân quyền...
