Cơ cấu tổ chức của Bộ gồm 19 đơn vị: 1. Vụ Bảo hiểm y tế; 2. Vụ Tổ chức cán bộ; 3. Vụ Kế hoạch - Tài chính; 4. Vụ Pháp chế; 5. Vụ Hợp tác quốc tế; 6. Văn phòng Bộ; 7. Cục Quản lý Khám, chữa bệnh; 8. Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền; 9. Cục Quản lý Dược; 10. Cục An toàn thực phẩm; 11. Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế; 12. Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo; 13. Cục Dân số; 14. Cục Phòng bệnh; 15. Cục Bà mẹ và Trẻ em; 16. Cục Bảo trợ xã hội; 17. Viện Chiến lược và Chính sách y tế; 18. Trung tâm Thông tin y tế Quốc gia; 19. Báo Sức khỏe và Đời sống. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 18/8/2026.
