Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội, trong khoảng thời gian từ ngày 16/11/2017 đến ngày 5/12/2018, bị cáo Phạm Thị Đoan Trang có hành vi làm, tàng trữ, lưu hành các tài liệu, bài viết có nội dung nhằm chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Ngoài ra, bị cáo Trang còn trả lời phỏng vấn trên truyền thông nước ngoài với nội dung xuyên tạc đường lối, chính sách của Nhà nước, phỉ báng chính quyền nhân dân, phao tin bịa đặt gây hoang mang trong nhân dân.
Cụ thể, bị cáo Trang có hành vi tàng trữ các tài liệu: "Báo cáo tóm tắt về thảm họa môi trường biển Việt Nam"; "Đánh giá chung về tình hình nhân quyền tại Việt Nam"; "Báo cáo đánh giá về luật tôn giáo và tín ngưỡng năm 2016 liên quan đến việc thực hiện quyền tự do tôn giáo và tín ngưỡng ở Việt Nam". Viện Kiểm sát xác định, các tài liệu trên có nội dung tuyên truyền "luận điệu chiến tranh tâm lý, phao tin bịa đặt gây hoang mang trong nhân dân, tuyên truyền thông tin xuyên tạc đường lối, chính sách của Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam".
Quá trình làm việc với cơ quan công an, bị cáo Trang xác nhận mình là tác giả của báo cáo nghiên cứu về luật tín ngưỡng, tôn giáo. Bị cáo đã cùng nhóm tác giả viết báo cáo này bằng tiếng Anh, sau đó dịch ra tiếng Việt và đăng tải trên trang điện tử do Trang cùng một số người lập ra.
Viện Kiểm sát cũng cáo buộc bị cáo Trang đã có hành vi trả lời phỏng vấn đài nước ngoài, trong đó bị cáo đã có phát ngôn "tuyên truyền các nội dung thông tin xuyên tạc đường lối chính sách của Nhà nước".
Trên cơ sở đó, Viện Kiểm sát xác định, bị cáo Phạm Thị Đoan Trang phải chịu trách nhiệm hình sự vì nhiều lần thực hiện hành vi làm ra, tàng trữ và lưu hành các tài liệu có nội dung nhằm chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
