Đây là yếu tố cốt lõi của việc trùng tu, tôn tạo di tích. Tiếp thu những ý kiến trái chiều về màu sơn mới của Chùa Cầu, thành phố Hội An đã chỉ đạo Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hoá Hội An thực hiện việc sơn lại đường viền màu trắng, phần tiếp giáp giữa mố cầu và mặt cầu cho sậm hơn. Nhìn toàn cục, màu sơn của Chùa Cầu sau khi được trùng tu vẫn đảm bảo được màu truyền thống. Còn màu thời gian thì phải qua một vài mùa mưa nắng, mới giống như màu cũ trước khi trùng tu.
Chủ tịch UBND thành phố Hội An Nguyễn Văn Sơn cũng khẳng định: “Việc sơn lại đường viền màu trắng cho sậm hơn hoàn toàn không làm ảnh hưởng đến giá trị cốt lõi của di tích. Trong quá trình trùng tu di tích Chùa Cầu, tất cả các hạng mục đều được thi công đúng theo hồ sơ đã được phê duyệt. Nguyên tắc sống còn trong trùng tu di tích nói chung và di tích Chùa Cầu nói riêng là là đảm bảo yếu tố hài hòa, chân xác, đảm bảo các giá trị cốt lõi của di tích đã được thực hiện một cách, chặt chẽ, khoa học, được các chuyên gia đánh giá cao”.
Cũng theo Chủ tịch UBND thành phố Hội An, là di tích đặc biệt, trong quá trình trùng tu, Chùa Cầu nhận được sự quan tâm đặc biệt của công chúng, chuyên gia trong và ngoài nước, nhất là các chuyên gia đến từ Nhật Bản, họ làm việc hết sức cẩn trọng, tỷ mỉ, khoa học. Do vậy, Chùa Cầu sau khi trùng tu đã được các chuyên gia đánh giá cao.
