Đại diện Viện Kiểm sát giữ quyền công tố tại phiên tòa đã trình bày bản luận tội và đề nghị mức án đối với 7 bị cáo.
Theo đó, bị cáo Phan Quốc Việt (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Việt Á) bị Viện Kiểm sát đề nghị mức án 15 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ", từ 10-11 năm tù về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng". Tổng hợp hình phạt chung đối với bị cáo Phan Quốc Việt là từ 25-26 năm tù.
Nhóm bị cáo bị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ", đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị các mức án gồm: Bị cáo Hồ Anh Sơn (cựu Thượng tá Quân đội, cựu Phó Giám đốc Viện nghiên cứu y dược học quân sự, Học viện Quân y) bị đề nghị từ 11-13 năm tù, Trịnh Thanh Hùng (cựu Phó Vụ trưởng, Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật, Bộ Khoa học và Công nghệ) bị đề nghị 15 năm tù.
Nhóm bị cáo còn lại bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" bị đề nghị các mức án gồm: Bị cáo Vũ Đình Hiệp (Phó Tổng Giám đốc Công ty Việt Á) bị đề nghị từ 6-7 năm tù, Nguyễn Văn Hiệu (cựu Đại tá, Trưởng phòng Trang bị - Vật tư, Học viện Quân y) từ 7-8 năm tù, Ngô Anh Tuấn (cựu Thiếu tá, Trưởng phòng Trang bị - Vật tư, Học viện Quân y) từ 3-5 năm tù, Lê Trường Minh (cựu Thiếu tá, Trưởng Ban Hóa dược, Phòng Trang bị - Vật tư, Học viện Quân y) từ 6-7 năm tù.
Bản luận tội nêu rõ, bị cáo Phan Quốc Việt vì vụ lợi cá nhân, muốn bán được nhiều kit test đã chỉ đạo bị cáo Vũ Đình Hiệp chi hơn 7,1 tỷ đồng cho các cá nhân thuộc Học viện Quân y. Cụ thể, Việt đã chi cho bị cáo Nguyễn Văn Hiệu hơn 3,5 tỷ đồng, Ngô Anh Tuấn hơn 1 tỷ đồng và Hồ Anh Sơn hơn 2,4 tỷ đồng…
Hành vi của các bị cáo đã xâm phạm hoạt động đúng đắn của các cơ quan nhà nước, tạo dư luận không tốt, làm ảnh hưởng đến uy tín của các cơ quan nhà nước nên cần xử phạt mức hình phạt tương ứng.
Ngoài ra, đại diện Viện Kiểm sát cũng nêu tình tiết giảm nhẹ của các bị cáo như: Đã có nhiều thành tích trong quá trình công tác, gia đình có công với cách mạng, tự nguyện khắc phục hậu quả, phạm tội lần đầu, khai báo thành khẩn, tích cực hợp tác với cơ quan Công an… để Hội đồng xét xử cân nhắc, xem xét cho các bị cáo giảm nhẹ hình phạt.
Sau khi đại diện Viện Kiểm sát trình bày bản luận tội, luật sư bào chữa, các bị cáo đã tham gia tranh luận, đưa ra nhiều luận điểm, luận cứ nhằm làm giảm nhẹ mức độ hành vi cho các bị cáo.
