Mục tiêu của Chiến lược nhằm phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo trở thành động lực chủ yếu của tăng trưởng kinh tế, quyết định nâng cao năng suất, chất lượng tăng trưởng và sức cạnh tranh quốc gia; đóng góp trực tiếp vào phát triển nhanh, bền vững, bảo đảm quốc phòng, an ninh, bảo vệ môi trường và nâng cao chất lượng cuộc sống của nhân dân. Đồng thời, phát triển tiềm lực, trình độ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo của Việt Nam đạt mức tiên tiến trong một số lĩnh vực quan trọng; hình thành năng lực làm chủ và phát triển một số công nghệ lõi, công nghệ chiến lược, tạo nền tảng cho tự chủ công nghệ quốc gia. Bên cạnh đó, xây dựng hệ thống đổi mới sáng tạo quốc gia hiện đại, hội nhập quốc tế; phát triển mạnh hệ sinh thái khởi nghiệp sáng tạo và đội ngũ doanh nghiệp công.
