Tại phiên phúc thẩm, nhận định của Hội đồng xét xử cho rằng hành vi của các bị cáo là đặc biệt nghiêm trọng, xâm phạm an toàn vốn của các cơ quan, nhà nước, doanh nghiệp; gây thiệt hại kinh tế, bức xúc trong dư luận.
Các tài liệu, chứng cứ cho thấy, các bị cáo là lãnh đạo chủ chốt của VICEM khi xây dựng kế hoạch, thực hiện dự án không có động cơ vụ lợi, tư lợi, với định hướng xây dựng trụ sở làm việc khang trang hơn, mong muốn phát triển VICEM, tuy nhiên quá trình triển khai, các bị cáo không thực hiện đúng các quy định, không chấp hành pháp luật về đấu thầu, xây dựng. Đây là nguyên nhân chính dẫn đến hệ lụy dự án dở dang, không được đưa vào khai thác.
Tòa án nghiêm trị các bị cáo là người đứng đầu song cũng phân hóa các bị cáo theo vị trí, vai trò, tình trạng khắc phục hậu quả, xác định lỗi, mục đích và chính sách khoan hồng của pháp luật.
Xét kháng cáo của các bị cáo, Tòa phúc thẩm nhận thấy các bị cáo đều ăn năn hối cải, nhận thức hành vi của mình, tổng cộng nộp hơn 119 tỉ đồng. Các bị cáo cũng xuất trình thêm tài liệu như có nhiều thành tích trong công tác, có nhiều bằng khen, giấy khen…
Tại phiên phúc thẩm, bị cáo Nguyễn Ngọc Anh (cựu Tổng giám đốc VICEM) có đơn xin xét xử vắng mặt vì đang điều trị bệnh ung thư. Tòa phúc thẩm không đồng ý miễn hình phạt nhưng chấp nhận giảm án cho bị cáo ở 2 tội danh, bởi xét thấy mặc dù bị cáo chưa khắc phục thêm thiệt hại, nhưng bị cáo đã trên 70 tuổi, hiện đang mắc bệnh ung thư, quá trình công tác có nhiều thành tích, khen thưởng.
Để thể hiện tính chất nhân đạo của pháp luật, Tòa chấp nhận giảm án, tuyên phạt bị cáo Nguyễn Ngọc Anh tổng mức án 13 năm tù. Trước đó, tại phiên sơ thẩm, bị cáo Nguyễn Ngọc Anh bị tuyên phạt 15 năm tù về tội "Vi phạm quy định quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí" và "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Tòa cũng giảm án cho các bị cáo Dư Ngọc Long (cựu Giám đốc Ban Quản lý Dự án VICEM, án sơ thẩm 12 năm 6 tháng tù) 9 năm tù; bị cáo Hoàng Ngọc Hiếu (cựu Trưởng phòng Thẩm định dự án VICEM, án sơ thẩm 11 năm tù) 10 năm tù cùng về 2 tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” và “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.
Về tội danh “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”, Tòa phúc thẩm tuyên phạt: bị cáo Lê Văn Chung (cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên VICEM, án sơ thẩm 13 năm tù) 10 năm tù; bị cáo Tạ Quang Bửu (cựu thành viên Hội đồng thành viên kiêm Phó Tổng giám đốc VICEM, án sơ thẩm 9 năm tù) 7 năm tù. Bị cáo Trần Bình Trọng và Nguyễn Lâm Cường (cùng là (cựu Phó Tổng giám đốc Tổng Công ty Tư vấn xây dựng Việt Nam - VNCC), án sơ thẩm 4 năm tù) 3 năm tù cho hưởng án treo, đã chấp hành xong hình phạt.
Bị cáo Trịnh Công Loan (cựu thành viên Hội đồng thành viên VICEM, án sơ thẩm 4 năm tù) 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo. Bị cáo Đoàn Thị Mai Lan (cựu Chủ nhiệm Bộ môn Kinh tế dự toán của VNCC, án sơ thẩm 3 năm tù) 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo.
Về diễn biến vụ án, quá trình đầu tư xây dựng dự án "Trung tâm điều hành và giao dịch thương mại Tổng công ty Xi măng Việt Nam" tại đường Phạm Hùng, Cầu Giấy (Hà Nội), Lê Văn Chung, Nguyễn Ngọc Anh cùng nhóm cựu lãnh đạo VICEM đã làm sai lệch các chỉ tiêu tài chính, tính hiệu quả kinh tế của dự án. Việc cố ý không thực hiện nghiêm các quy định pháp luật, lập dự án đầu tư không đúng thực tế dẫn đến dự án thực hiện dở dang, không thể tiếp tục triển khai do không có hiệu quả. Từ các sai phạm của dàn cựu lãnh đạo VICEM, dẫn tới việc dự án khởi công năm 2011 đến tháng 8/2015 hoàn thành xây dựng phần thô và cất nóc, nhưng sau đó dừng thi công, để hoang hóa đến nay.
Năm 2006, Lê Văn Chung ký văn bản đề nghị Bộ Xây dựng báo cáo Thủ tướng cho phép VICEM đầu tư dự án "Trung tâm điều hành và giao dịch thương mại Tổng công ty Xi măng Việt Nam", tổng mức đầu tư hơn 488 tỷ đồng. Quy mô xây dựng tòa tháp gồm 25 tầng nổi và 2 tầng hầm để làm văn phòng làm việc, văn phòng cho thuê. Hai năm sau, UBND thành phố Hà Nội có quyết định chấp thuận giao chủ đầu tư nghiên cứu lập dự án tại khu đô thị mới Cầu Giấy.
Từ năm 2006 đến năm 2011, mặc dù các tài liệu thể hiện giá thuê văn phòng và dịch vụ phụ trợ trên thị trường ở mức thấp, nhưng bị cáo Dư Ngọc Long vẫn tham mưu áp dụng mức giá cho thuê và giá dịch vụ cao hơn để tính toán hiệu quả kinh tế, qua đó làm cơ sở đề xuất triển khai Dự án Trung tâm điều hành và giao dịch thương mại VICEM. Trên cơ sở đó, bị cáo Nguyễn Ngọc Anh đã ký văn bản đề nghị UBND thành phố Hà Nội cấp giấy chứng nhận đầu tư cho dự án với tổng vốn dự kiến 1.482 tỷ đồng.
Quá trình lập, thẩm định và phê duyệt dự án, mặc dù hồ sơ dự án của đơn vị tư vấn chưa hoàn chỉnh, nhưng hai bị cáo Lê Văn Chung và Nguyễn Ngọc Anh vẫn chỉ đạo triển khai, dẫn tới việc tổng mức đầu tư được điều chỉnh tăng lên 1.951 tỷ đồng và 2.743 tỷ đồng. Hành vi của các bị cáo đã gây thất thoát hơn 380 tỷ đồng.
