Qua chương trình giám sát chuỗi di truyền, Fiocruz - có trụ sở tại thành phố Bahía, Đông Bắc Brazil - đã phát hiện chủng mới của virus zika tại 2 bang cách nhau khá xa là Rio Grande do Sul (miền Nam) và Rio de Janeiro (Đông Bắc). Trung tâm khẳng định chúng đã có mặt tại quốc gia Nam Mỹ này ít nhất từ năm 2019.
Virus zika được chia thành 2 loại chính là chủng châu Á và chủng châu Phi, trong đó nhóm chủng châu Phi lại chia thành tiểu chủng Đông Phi và Tây Phi. Chủng zika hoành hành từ năm 2015 tới nay là chủng zika châu Á, trong đó đại đa số là từ 2 tiểu chủng Campuchia và Micronesia, tuy nhiên chủng zika phát hiện lần này có nguồn gốc chủng châu Phi, nhưng vẫn chưa được xác định rõ các các đặc điểm di truyền.
Với việc phát hiện tại 2 địa phương cách xa nhau và trên 2 vật chủ khác biệt, loại muỗi Aedes albopictus - “anh em họ” của vật chủ zika truyền thống muỗi Aedes aegypti - và một giống khỉ, Fiocruz cảnh báo nguy cơ bùng phát dịch do chủng mới đã có mức độ lan rộng và thời gian phát triển tương đối, trong khi người dân Brazil vẫn chưa có kháng thể với chủng mới này.
Virus zika xuất hiện tại Brazil năm 2015 và từng gây ra dị tật đầu nhỏ trên ít nhất 3.500 trẻ sơ sinh do các bà mẹ bị nhiễm zika trong thai kỳ. Tới năm 2018, số các ca nhiễm zika ở quốc gia Nam Mỹ này đã giảm đáng kể, và trong năm 2019, số ca nhiễm chỉ ở mức gần 3.700 ca, thấp hơn nhiều so với các loại bênh truyền nhiễm khác cũng do các arbovirus gây ra, như sốt vàng chikungunya (hơn 47.000 ca) và sốt xuất huyết (gần 844.000 ca). Tuy nhiên, tình trạng này có thể thay đổi đáng kể một khi chủng zika mới bắt đầu lây lan trong dân chúng.
