Theo Bộ Giao thông Vận tải, dự án này được Chính phủ chấp thuận báo cáo nghiên cứu tiền khả thi từ năm 2004, với quy mô xây dựng tổ hợp ga và đoạn cầu cạn từ Giáp Bát - Gia Lâm và cầu vượt sông Hồng. Chiều dài toàn tuyến đường sắt này 28,7 km, với tổng mức đầu tư 9.197 tỷ đồng, thực hiện trong giai đoạn 2007-2017.
Sau khi điều chỉnh, dự án được phân kỳ đầu tư lại; trong đó, giai đoạn I chỉ tập trung đầu tư xây dựng khu tổ hợp ga Ngọc Hồi (tổng mức đầu tư 19.046 tỷ đồng, mục tiêu hoàn thành vào năm 2024), còn hướng tuyến đường sắt vẫn đang trong giai đoạn điều chỉnh.
Hiện dự án chủ yếu vẫn đang tập trung công tác giải phóng mặt bằng, thiết kế, lựa chọn nhà thầu cho các gói thầu chính của dự án, chưa triển khai được gói thầu thi công, xây lắp nào.
Bộ Giao thông Vận tải cho biết, do khó khăn về nguồn vốn đối ứng để giải phóng mặt bằng khu tổ hợp ga Ngọc Hồi nên việc hoàn thành tổ hợp ga vào năm 2024 gặp nhiều khó khăn. Do đó, Bộ Giao thông Vận tải đề xuất Thủ tướng giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư nghiên cứu, tham mưu Chính phủ báo cáo Quốc hội có ý kiến về chủ trương thực hiện đối với tổng thể dự án.
Bộ Giao thông Vận tải cũng đề xuất chỉ làm chủ đầu tư với phần đường sắt quốc gia trong khu tổ hợp ga Ngọc Hồi, các hạng mục còn lại thuộc tuyến đường sắt đô thị Ngọc Hồi - Yên Viên (gồm cả phần đường sắt đô thị tại tổ hợp ga Ngọc Hồi) giao UBND Tp. Hà Nội làm chủ đầu tư.
Về vấn đề đội vốn, chậm tiến độ, Bộ Giao thông Vận tải cho hay, nguyên nhân dẫn đến việc này có nhiều nguyên nhân; trong đó, có việc triển khai kéo dài khi các hạng mục phát sinh phải bổ sung, điều chỉnh thiết kế nhằm phù hợp với quy định pháp luật (Luật Quy hoạch, Luật Thủ đô) điều kiện thực tế và quy hoạch của địa phương. Cùng đó, là trượt giá xây dựng, tăng tỷ giá giữa tiền Yên (Nhật) và tiền Việt Nam; ảnh hưởng của vụ việc Công ty tư vấn giao thông Nhật Bản (nhà thầu JTC) khiến dự án bị dừng từ năm 2014-2016... dẫn đến phải điều chỉnh dự án.
Các nguyên nhân khiến tổng mức đầu tư tăng là do điều chỉnh thiết kế cơ sở tăng 332% so với tổng mức được duyệt; thay đổi quy mô đầu tư tăng 131%; thay đổi chính sách tiền lương, trượt giá; thời gian thực hiện dự án kéo dài (phát sinh chi phí tư vấn, quản lý, phí cam kết...), tăng chi phí dự phòng, chi phí giải phóng mặt bằng, cơ cấu và lãi suất các khoản vay của nhà tài trợ.
Bộ Giao thông Vận tải ước tính tổng mức đầu tư toàn bộ dự án đường sắt đô thị Ngọc Hồi - Yên Viên khoảng 81.537 tỷ đồng, tăng 9 lần so với ban đầu.
