Tại phiên tòa, Phan Văn Anh Vũ (sinh năm 1975, Giám đốc Công ty Xây dựng 79) có mặt với tư cách là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, năm 1997, Trương Duy Nhất được bổ nhiệm làm Trưởng Văn phòng đại diện khu vực Trung Trung Bộ của Báo Đại Đoàn Kết, đặt tại thành phố Đà Nẵng. Trước đó, Báo Đại Đoàn Kết có công văn gửi UBND thành phố Đà Nẵng đề nghị được cấp (hoặc thuê) một căn nhà tại một địa điểm thuận lợi ở trung tâm thành phố để làm trụ sở Văn phòng đại diện của Báo. Báo Đại Đoàn Kết không có chủ trương xin mua nhà công sản. Lãnh đạo Báo giao cho Trương Duy Nhất liên hệ với chính quyền địa phương xin địa điểm thích hợp đặt trụ sở Văn phòng đại diện.
Lợi dụng nhiệm vụ được giao, trong 2 năm 2003-2004, Trương Duy Nhất đã ký 3 văn bản gửi UBND thành phố Đà Nẵng xin mua nhà, đất theo diện công sản, không áp dụng hệ số sinh lời, với lý do để làm Văn phòng đại diện cho Báo.
Sau khi được UBND thành phố Đà Nẵng ra Quyết định đồng ý bán nhà, đất số 82 Trần Quốc Toản (quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng) với giá ưu đãi hơn 674 triệu đồng cho Báo Đại Đoàn Kết, Trương Duy Nhất đã ký Hợp đồng nguyên tắc số 64/TTB ngày 20/8/2004 với Công ty Xây dựng 79 do Phan Văn Anh Vũ làm Giám đốc, để cho Công ty Xây dựng 79 thay thế nộp tiền theo giá được UBND thành phố Đà Nẵng phê duyệt. Sau đó, Trương Duy Nhất làm các thủ tục bán, chuyển nhượng nhà đất này cho Công ty Xây dựng 79.
Để hợp thức nội dung đã thỏa thuận từ trước với Phan Văn Anh Vũ, ngày 4/10/2004, Trương Duy Nhất ký báo cáo gửi lãnh đạo Ban Biên tập Báo Đại Đoàn Kết và được chấp thuận. Sau đó, Trương Duy Nhất đã ký quyết định bán và chuyển quyền sử dụng nhà, đất tại 82 Trần Quốc Toản cho Công ty Xây dựng 79 với giá hơn 674 triệu đồng. Đổi lại, sau khi xây dựng tòa nhà mới, Công ty Xây dựng 79 dành một phần diện tích của tòa nhà 82 Trần Quốc Toản cho Báo Đại Đoàn Kết làm trụ sở Văn phòng đại diện khu vực Trung Trung Bộ.
Tuy nhiên, đến ngày 15/1/2011, Công ty Xây dựng 79 gỡ bỏ biển hiệu và đóng cửa Văn phòng Trung Trung Bộ, Báo Đại Đoàn Kết tại số nhà 82 Trần Quốc Toản. Ngày 20/4, lãnh đạo Báo Đại Đoàn Kết và Phan Văn Anh Vũ ký Biên bản làm việc, trong đó xác định lại nội dung Hợp đồng nguyên tắc số 64/TTB ngày 20/8/2004 và cho rằng một số văn bản giấy tờ chưa hợp lý, do lịch sử để lại và do yêu cầu khách quan. Công ty Xây dựng 79 đồng ý bồi thường cho Báo Đại Đoàn Kết thời gian sử dụng nhà còn lại với số tiền 1 tỷ đồng. Cùng ngày, hai bên đã ký Biên bản thanh lý Hợp đồng nguyên tắc số 64/TTB ngày 20/8/2004. Báo Đại Đoàn Kết đã sử dụng số tiền 1 tỷ đồng này chi thuê trụ sở Văn phòng đại diện, nộp thuế thu nhập và đã hạch toán sử dụng hết.
Tại Kết luận số 04 ngày 29/3/2019 của Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự ở Trung ương đã kết luận: Tại thời điểm ngày 17/4/2018 (thời điểm Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an khởi tố vụ án “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” xảy ra tại Đà Nẵng), giá trị quyền sử dụng đất số 82 Trần Quốc Toản là 13,8 tỷ đồng.
Sau khi xem xét vụ án, Hội đồng xét xử xác định, hành vi xin mua, sau đó ký bán, chuyển nhượng nhà, đất công sản số 82 Trần Quốc Toản của Trương Duy Nhất đã giúp cho Công ty Xây dựng 79 mua được nhà, đất công sản không đúng đối tượng, nên Trương Duy Nhất đã có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hành trong khi thi hành công vụ, gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước hơn 13 tỷ đồng.
Hội đồng xét xử nhận định, hành vi của bị cáo là rất nghiêm trọng, bị cáo nhận thức rõ hành vi của mình là sai trái, vi phạm pháp luật; hành vi đó không những xâm phạm đến lợi ích của Nhà nước, của cơ quan, tổ chức được pháp luật bảo vệ, mà còn gây ảnh hưởng xấu đến trật tự quản lý hành chính, gây mất niềm tin của quần chúng nhân dân đối với cơ quan hành chính Nhà nước. Nhưng vì động cơ vụ lợi là mưu cầu lợi ích vật chất có lợi cho Báo Đại Đoàn Kết và cho người khác (cá nhân Phan Văn Anh Vũ), bị cáo vẫn thực hiện hành vi phạm tội nên việc khởi tố, truy tố và đưa ra xét xử, áp dụng hình phạt nghiêm khắc đối với bị cáo là cần thiết, nhằm cải tạo, giáo dục và phòng ngừa chung.
Tại cơ quan điều tra và phiên tòa, bị cáo Trương Duy Nhất thừa nhận hành vi của mình nhưng cho rằng hành vi đó không phạm tội như bị truy tố. Hội đồng xét xử đánh giá là bị cáo đã khai báo thành khẩn nên được hưởng tình tiết giảm nhẹ.
Căn cứ tính chất, mức độ, hậu quả của hành vi,nhân thân, thái độ,các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ trách nhiệm hình sự của bị cáo, Hội đồng xét xử nhận thấy cần thiết phải áp dụng hình phạt tù nghiêm, cách ly bị cáo Trương Duy Nhất ra khỏi xã hội một thời gian dài mới đủ tác dụng cải tạo, giáo dục bị cáo và có tác dụng đấu tranh chống, phòng ngừa tội phạm chung. Trên cơ sở đó, Hội đồng xét xử đã tuyên án phạt bị cáo Trương Duy Nhất 10 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
