Theo hồ sơ của Cơ quan điều tra, vào ngày 5/6/2020, Nguyễn Ngọc Huy ký hợp đồng kinh tế với ông Nguyễn Đức Hiếu, Tổng giám đốc Công ty Cổ phần đầu tư kinh doanh, xây dựng Cửu Long Mê Công (ở Phường 7, quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh) về việc nhận thi công nạo vét, bơm bùn Cảng cá Bình Đại, xã Bình Thắng, huyện Bình Đại, tỉnh Bến Tre.
Đến ngày 3/7/2020, Nguyễn Ngọc Huy tiếp tục ký hợp đồng thuê Nguyễn Hoàng Em (sinh năm 1982, ngụ huyện Châu Thành A, tỉnh Hậu Giang), thi công nạo vét Cảng cá Bình Đại. Tổng số tiền Huy phải trả cho Hoàng Em khi hoàn thành công trình là 350 triệu đồng, nếu vi phạm hợp đồng phải bồi thường gấp hai lần giá trị hợp đồng. Trong thời gian hợp đồng, Hoàng Em đưa sà lan mang số hiệu HGi 4271 đến để thi công và ứng của Huy số tiền trên 113 triệu đồng làm chi phí cho hoạt động.
Tuy nhiên, khi đáo hạn hợp đồng, Hoàng Em chưa hoàn thành được hợp đồng đã ký với Huy. Vì nóng lòng với công việc, Huy nhiều lần điện thoại cho Hoàng Em để hối thúc. Ngày 12/10/2020, vì quá bực tức, Huy thuê người kéo sà lan HGi 4271 của Nguyễn Hoàng Em đi nơi khác nhằm tạo áp lực buộc Hoàng Em phải đến gặp Huy để giải quyết công việc. Đến khoảng giữa tháng 12/2020, Huy nhờ người quen tìm cách bán chiếc sà lan của Hoàng Em.
Sau khi phát hiện sà lan bị mất, Nguyễn Hoàng Em đến cơ quan Công an trình báo. Đến ngày 29/1/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an tỉnh Bến Tre đã mời Nguyễn Ngọc Huy làm việc. Tại cơ quan Công an, Huy đã khai nhận toàn bộ nội dung trên và địa điểm đang cất giấu sà lan HGi 4271.
