Hiện nay, việc cung cấp nước sinh hoạt cho người dân trên địa bàn huyện do Trạm cấp nước Côn Đảo khai thác nước dưới đất với lưu lượng 3.400m3/ngày, tỉ lệ hộ dân trên địa bàn sử dụng nước máy đạt 99%.
Theo UBND huyện Côn Đảo, từ năm 2016 đến nay, mùa mưa đến sớm và kéo dài tới tháng 11 nên tạm đảm bảo đủ nước mặt và nước ngầm cho địa phương. Tuy nhiên, vào mùa du lịch, khi lượng du khách đến Côn Đảo tăng đột biến hoặc cao điểm nắng nóng, nhà máy nước phải hoạt động hết công suất và huyện phải áp dụng các giải pháp cấp nước an toàn.
Huyện Côn Đảo có 3 hồ chứa nước ngọt gồm hồ An Hải, hồ Quang Trung 1 và hồ Quang Trung 2 với tổng dung tích hữu ích khoảng 1,7 triệu m3.
Ông Lê Văn Phong, Chủ tịch UBND huyện Côn Đảo cho biết, huyện xác định, nước ngọt là yếu tố quan trọng nhất quyết định đến quy mô và khả năng phát triển kinh tế xã hội địa phương. Theo đó, từ giữa năm 2016, Huyện ủy đã ban hành Nghị quyết số 04-NQ/HU về tăng cường công tác quản lý, bảo vệ, khai thác sử dụng tài nguyên nước ngọt trên địa bàn huyện giai đoạn 2017-2020.
Để triển khai các biện pháp bảo vệ nghiêm ngặt 3 hồ chứa nước hiện hữu cũng như nguồn nước dưới đất, huyện không cấp mới giấy phép khai thác nước dưới đất, lập hành lang bảo vệ nguồn nước và giao các cơ quan, đơn vị tổ chức dọn vệ sinh khu vực hồ. Huyện cũng tạm dừng hoạt động của các lò mổ trong khu dân cư; thường xuyên kiểm tra việc thu gom xử lý rác thải, nước thải để bảo vệ chất lượng và trữ lượng nước dưới đất; triển khai công tác quản lý, đăng ký khai thác, thống kê hiện trạng sử dụng nước dưới đất trong phạm vi gia đình...
Địa phương cũng tăng cường tuyên truyền, hướng dẫn nhân dân sử dụng hóa chất bảo vệ thực vật hợp lý trong canh tác hoa màu và nâng cao nhận thức của doanh nghiệp, người dân về bảo vệ, khai thác, sử dụng tài nguyên nước trên địa bàn.
Theo UBND huyện Côn Đảo, mối lo lớn của địa phương hiện nay là chưa có nhà máy xử lý nước thải và rác thải. Bãi rác tồn hơn 70.000 tấn tại khu vực Bãi Nhát và nước thải phát sinh từ các cơ sở sản xuất kinh doanh, công trình công cộng, sinh hoạt của người dân chỉ được xử lý bằng bể tự hoại. Về lâu dài, tình trạng này sẽ ảnh hưởng tới chất lượng nguồn nước dưới đất của huyện đảo.
