Mưa lớn kéo dài khiến mực nước các sông đang lên và dao động ở mức dưới báo động 1 đến dưới báo động 2. Riêng sông Ô Lâu mực nước đang dao động ở mức báo động 2. Cơ quan chức năng cảnh báo nguy cơ cao xảy ra ngập lụt vùng thấp trũng, ven sông hạ lưu các sông, ngập lụt cục bộ các ngầm tràn ở khu vực miền núi, ngập úng cục bộ đô thị; nguy cơ rất cao xảy ra sạt lở đất ở sườn dốc các huyện miền núi, công trình đang thi công, sạt lở bờ sông suối, sạt trượt ta luy đường giao thông.
Ở vùng đồng bằng, tỉnh đã có gần 14.300 ha lúa Hè Thu 2025 mới gieo cấy được từ 15 – 20 ngày bị ngập úng; tập trung ở các huyện: Hải Lăng, Cam Lộ, Vĩnh Linh, Triệu Phong… Ngoài ra tỉnh còn có trên 500 ha rau màu và trên 60 ha sen bị ngập úng ở các huyện: Cam Lộ, Hải Lăng, Gio Linh.
Ở vùng thấp trũng huyện Hải Lăng, đê bao và đường liên thôn, liên xã ở các xã: Hải Trường, Hải Phong, Hải Lâm và thị trấn Diên Sanh bị ngập từ 0,2 - 0,5m gây khó khăn cho việc lưu thông. Địa phương này đã sơ tán 12 hộ với 33 khẩu ở thôn Mai Đàn, xã Hải Lâm sinh sống ở cạnh bờ sông Nhùng, có nguy cơ sạt lở. Ở huyện miền núi Hướng Hóa, mưa lớn làm nước dâng cao gây ngập các ngầm tràn từ 0,5 - 1,1m làm chia cắt các điểm gồm: Thôn Loa, xã Ba Tầng; thôn A Xau, xã Lìa; Cha Lỳ, xã Hướng Lập; Thanh Ô, Bản 10, xã Thanh; Bản 3, xã Thuận. Tại huyện miền núi Đakrông, ngầm tràn Ba Lòng bị ngập sâu 1m.
Hiện nay, các địa phương, đơn vị của tỉnh đã triển khai biện pháp chống úng cho lúa như vận hành hệ thống trạm bơm tiêu, trạm bơm dã chiến, nạo vét kênh tiêu úng, đắp nâng cao bờ. Dự báo, từ chiều 12/6 đến hết ngày 13/6, tỉnh Quảng Trị tiếp tục có mưa to đến rất to; tổng lượng mưa phổ biến từ 50 - 150 mm, có nơi trên 220 mm. Lũ thượng lưu các sông tiếp tục lên mức trên báo động 1 đến báo động 2, có sông trên báo động 2; hạ lưu các sông lên mức báo động 1 đến báo động 2.
