Theo cơ quan khí tượng của Philippines, bão Penha đổ bộ vào tỉnh Surigao del Sur, khu vực Đông Nam Philippines, vào tối 5/2. Đến tối 6/2, cơn bão đã suy yếu thành áp thấp nhiệt đới và lần cuối được ghi nhận ở ngoài khơi tỉnh Cebu ở miền Trung, với sức gió duy trì tối đa 55 km/h và gió giật lên đến 75 km/h.
Giới chức phòng vệ dân sự cho biết các nạn nhân thiệt mạng chủ yếu ở khu vực ngoại ô các thành phố Cagayan de Oro, Iligan và thị trấn Carmen thuộc tỉnh Agusan del Norte, đều nằm ở phía Nam. Hơn 28.000 người dân đã phải sơ tán đến các nơi trú ẩn khẩn cấp ở các tỉnh miền Nam và miền Trung. Nhiều trường học tại các khu vực bị ảnh hưởng đã tạm thời đóng cửa.
Trong khi đó, Lực lượng Bảo vệ bờ biển Philippines cho biết hơn 7.400 hành khách và công nhân vận chuyển hàng hóa đã bị mắc kẹt tại 78 cảng biển, sau khi các chuyến phà chở khách và tàu chở hàng liên đảo bị tạm dừng hoạt động do biển động.
Cơn bão Penha đổ bộ vào Philippines trước mùa Hè, thời điểm thường ghi nhận ít bão nhất trong năm ở nước này. Penha, có tên địa phương là Basyang, được dự báo sẽ tiếp tục suy yếu khi di chuyển theo hướng Tây Bắc qua các tỉnh đảo miền Trung.
Philippines hứng chịu trung bình khoảng 20 cơn bão và áp thấp nhiệt đới mỗi năm. Quốc gia này cũng thường xuyên chịu ảnh hưởng của động đất và có hơn 10 ngọn núi lửa đang hoạt động, khiến Philippines trở thành một trong những quốc gia dễ bị tổn thương nhất trước thiên tai trên thế giới.
