Theo cáo trạng, trong khoảng thời gian từ 9/8/2015 đến 1/4/2016, Công ty cổ phần Sông Đà 6 ký 5 hợp đồng kinh tế với Công ty trách nhiệm hữu hạn xây dựng và thương mại Nam Tín (viết tắt là Công ty Nam Tín) về việc thực hiện hoàn thiện một số hạng mục sơn Epoxy tại Công trình thủy điện Huội Quảng (Sơn La). Tổng giá trị của 5 hợp đồng là hơn 19,6 tỷ đồng.
Sau khi ký hợp đồng, Công ty Nam Tín đã tập kết vật liệu, nhân công, máy móc và tiến hành thi công từ 2/9/2015 đến 25/1/2017 thì thi công xong.
Quá trình thực hiện, ông Bùi Ngọc Sơn (Giám đốc Công ty Nam Tín) đã đến gặp Lê Văn Sinh (khi đó là Kế toán trưởng, Trưởng phòng Tài chính - Kế toán Công ty cổ phần Sông Đà 6) xin tạm ứng và thanh toán theo hợp đồng đã ký. Do tình hình tài chính của Công ty cổ phần Sông Đà 6 gặp khó khăn, quỹ của Công ty sử dụng trong đối ngoại, tiếp khách không đủ chi nên Sinh nảy sinh ý định thu tiền phần trăm trên số tiền tạm ứng, thanh toán của Công ty Nam Tín.
Mặt khác, Sinh biết ông Sơn đang cần thanh toán nhanh tiền mua vật liệu, trả công thuê nhân công máy móc để thi công nên đã yêu cầu ông Sơn nộp lại từ 30 - 40% giá trị được tạm ứng, thanh toán từng đợt theo hợp đồng thì sẽ được thanh toán nhanh. Nếu không, Sinh sẽ gây khó khăn trong quá trình nghiệm thu và việc thanh toán sẽ bị chậm.
Do đã tập kết hết vật liệu, máy móc và đang tiến hành thi công dang dở, nếu không thi công nữa sẽ bị chậm tiến độ và phạt theo hợp đồng nên ông Sơn đã đồng ý theo yêu cầu của Sinh. Sinh đã chỉ đạo Nguyễn Văn Quang (kế toán) lập bảng kê số tiền yêu cầu Công ty Nam Tín phải nộp lại trên số tiền được tạm ứng thanh toán thi công xây dựng một số hạng mục sơn tại Công trình thủy điện Huội Quảng. Sinh cũng chỉ đạo Phạm Thị Thúy Hà cùng Nguyễn Văn Quang thu tiền phần trăm và ký xác nhận, nhận tiền của Công ty Nam Tín theo bảng kê do Nguyễn Văn Quang lập.
Cơ quan chức năng xác định trong thời gian từ ngày 27/5/2016 đến ngày 17/11/2017, Lê Văn Sinh đã yêu cầu ông Bùi Ngọc Sơn nộp tổng số tiền hơn 5,4 tỷ đồng. Số tiền này, Sinh giao cho Hà lập sổ theo dõi và đã sử dụng vào các mục đích chung của Công ty, gồm: Chi ngoại giao, tiếp khách, thăm hỏi ốm đau, ma chay, hiếu hỉ… Đến tháng 7/2019 thì tiêu hết số tiền trên.
Liên quan tới vụ án, quá trình điều tra, lãnh đạo các thời kỳ của Công ty cổ phần Sông Đà 6 khai không chỉ đạo, không có chủ trương cho Sinh thu phần trăm số tiền đã được thanh toán của Công ty Nam Tín và cũng không được ai báo cáo về việc thu tiền của Công ty Nam Tín.
