Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên, từ tháng 6/2020 đến tháng 1/2021, trong thời gian sinh sống trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh và tỉnh Phú Yên, Ngô Công Trứ thông qua mạng xã hội, biết rõ tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” là tổ chức phản động lưu vong do Đào Minh Quân đang sống tại Mỹ cầm đầu.
Tuy nhiên, Ngô Công Trứ đã đồng tình, ủng hộ cương lĩnh, điều lệ, làm đơn tự nguyện tham gia tổ chức và được kết nạp là thành viên nhằm cùng tổ chức này xóa bỏ vai trò lãnh đạo của Đảng cộng sản Việt Nam, lật đổ Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam thay thế bằng nhà nước “Đệ Tam Việt Nam Cộng Hòa” do Đào Minh Quân làm tổng thống.
Bằng nhiều hình thức khác nhau như sử dụng mạng Facebook, Youtube... Ngô Công Trứ còn kích động, nói xấu lãnh tụ và sử dụng tài khoản Facebook cá nhân như “D Leh Trư” và “Ngô Trứ” vận động nhiều người thân trong gia đình tham gia tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” nhằm lật đổ chế độ và Nhà nước ta.
Ngày 4/2/2021, từ các chứng cứ thu thập được, Cơ quan An ninh điều tra, Công an tỉnh Phú Yên đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam đối với Ngô Công Trứ để điều tra về tội “Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”, theo khoản 1 Điều 109 Bộ luật Hình sự.
