Thiếu đất quy mô lớn để đầu tư ứng dụng khoa học công nghệ theo vùng sản xuất tập trung, “nút thắt” nguồn vốn, thị trường tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp công nghệ cao còn hạn hẹp, bất cập trong nghiên cứu, chuyển giao công nghệ, nhân lực còn hạn chế… là những khó khăn đang cản trở nông nghiệp công nghệ cao phát triển.
Trong những năm qua, với mục tiêu tạo thuận lợi thương mại, các bộ, ngành đã triển khai Cơ chế một cửa quốc gia, cải cách công tác quản lý chuyên ngành và thủ tục hành chính trong lĩnh vực quản lý chuyên ngành đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Đến nay, những nỗ lực này đã đem lại những kết quả tích cực, cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh cho các doanh nghiệp. Tuy nhiên, các chuyên gia kinh tế cho rằng, những kết quả này vẫn chưa đạt như kỳ vọng và quá trình triển khai còn bộc lộ nhiều hạn chế, tồn tại cần phải có giải pháp tháo gỡ.