Trong phần xét hỏi tại phiên tòa xét xử sơ thẩm hai bị cáo nguyên là Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng và đồng phạm về các tội: "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" và "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai", một trong số các nội dung được tập trung xét hỏi nhằm làm rõ hành vi vi phạm của các bị cáo là về Dự án 29 ha thuộc Dự án Khu đô thị mới Quốc tế Đa Phước, phường Tam Thuận, quận Thanh Khê và phường Thanh Bình, quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng (viết tắt là Dự án 29 ha).
Trong dự án này, các bị cáo bị cáo buộc đã cấu kết giao đất dự án không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất; Áp đơn giá chuyển quyền sử dụng đất năm 2006 (300.000 đồng/m2) cho đơn giá năm 2011 (giá thị trường lúc đó là 4 triệu đồng/m2), gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 11.000 tỷ đồng...
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, ngày 16/11/2006, Trần Văn Minh (lúc đó là Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng) và Công ty Daewon (Hàn Quốc) ký thỏa thuận nguyên tắc, trong đó có nội dung: “Đối với phần diện tích khoảng 29 ha dành cho việc xây dựng biệt thự và nhà liền kề, Công ty Deawon sẽ liên kết với công ty Việt Nam để phát triển phần diện tích này. UBND thành phố Đà Nẵng sẽ chuyển quyền sử dụng đất cho Công ty Việt Nam liên kết với Công ty Deawon với giá chuyển quyền sử dụng là 300.000 đồng/m2”.
Trước khi UBND thành phố Đà Nẵng và Công ty Daewon ký Thỏa thuận nguyên tắc, Phan Văn Anh Vũ, Chủ tịch HĐQT Công ty Cổ phần Xây dựng 79 đã được lãnh đạo thành phố Đà Nẵng giao hợp tác với Công ty Daewon triển khai thực hiện Dự án Khu đô thị Quốc tế Đa Phước.
Ngày 7/4/2008, Công ty Daewon có văn bản gửi trực tiếp cho Trần Văn Minh với nội dung: “Công ty Daewon cải tạo diện tích 29 ha đất tại Khu đô thị Quốc tế Đa Phước và bàn giao lại cho thành phố để thành phố có thể chuyển quyền sử dụng đất cho một công ty Việt Nam. Công ty Việt Nam này sẽ trả khoảng 5,5 triệu đô la cho thành phố để lập một công ty liên doanh với công ty chúng tôi cho việc xây dựng nhà phố và biệt thự”.
Theo quy định tại khoản 4, Điều 56 - Luật Đất đai năm 2003:“Giá đất do UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quy định được công bố công khai vào ngày 01 tháng 01 hàng năm được sử dụng làm căn cứ để tính thuế sử dụng đất, thuế thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất; tính tiền sử dụng đất và tiền thuê đất khi giao đất, cho thuê đất không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất hoặc đấu thầu dự án có sử dụng đất; tính giá trị quyền sử dụng đất khi giao đất không thu tiền sử dụng đất, lệ phí trước bạ, bồi thường khi Nhà nước thu hồi đất”. Tuy nhiên, ngay ngày hôm sau (8/4/2008), Trần Văn Minh chủ trì cuộc họp và kết luận: Thống nhất giữ nguyên tổng giá trị tiền thuê đất và Công ty Deawon thực hiện việc nộp tiền thuê đất dự án theo Thỏa thuận nguyên tắc ngày 16/11/2006 (tức là với giá 300.000 đồng/m2).
Sau khi hoàn thiện san lấp mặt bằng của Dự án giai đoạn 1, ngày 29/12/2010, Công ty Daewon có văn bản gửi UBND thành phố Đà Nẵng, Sở Tài nguyên và Môi trường và Trung tâm Xúc tiến Đầu tư thành phố Đà Nẵng với nội dung: “Đề nghị UBND thành phố tiến hành các thủ tục thu hồi đất và chuyển quyền sử dụng đất cho Công ty Cổ phần Xây dựng 79 để cùng Công ty Deawon thành lập liên doanh theo Thỏa thuận nguyên tắc”.
Nhận được văn bản này của Công ty Daewon, Lê Cảnh Dương và Nguyễn Điểu đã tham mưu, đề xuất và được Trần Văn Minh quyết định chủ trương đồng ý thu hồi đất và chuyển quyền sử dụng đất cho Công ty Cổ phần Xây dựng 79 phần diện tích 29 ha thuộc Dự án Khu đô thị mới Quốc tế Đa Phước để sử dụng diện tích đất nêu trên liên doanh với Công ty TNHH Daewon Cantavil thực hiện Dự án đầu tư xây dựng khu biệt thự, nhà phố và các tiện ích có liên quan theo quy hoạch. Giá chuyển quyền sử dụng đất của khu đất nêu trên được căn cứ vào quy định tại Bản Thỏa thuận nguyên tắc đã ký với Công ty TNHH Daewon ngày 16/11/2006 (tức là với giá 300.000 đồng/m2).
Cuối năm 2011, Công ty cổ phần xây dựng 79 của Phan Văn Anh Vũ đã nộp tiền sử đụng đất theo quy định tại Thỏa thuận nguyên tắc ngày 16/11/2006 với số tiền là 87 tỷ đồng trong khi đó giá trị quyền sử dụng đất và giá trị tài sản trên đất theo giá thị trường của Dự án 29 ha thuộc Đô thị Quốc tế Đa Phước tại thời điểm này (2011) có giá trị là: 4.788 tỷ đồng (tương đương 4 triệu đồng/m2, theo Kết luận định giá tài sản số 02/KL ngày 13/9/2018 của Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự ở Trung ương). Sau khi được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Dự án 29 ha này, Phan Văn Anh Vũ đã chuyển nhượng cho người khác.
Trong phần xét hỏi, các luật sư bào chữa cho bị cáo Trần Văn Minh và bị cáo Nguyễn Điểu (nguyên Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Đà Nẵng) cho rằng Dự án 29 ha là đất mặt nước, không có quy định giá.
Về điểm này, giám định viên tư pháp của Bộ Tài nguyên và Môi trường xác định dự án 29 ha đã được quy hoạch, bảng kê theo dõi theo thống kê là quỹ đất của thành phố Đà Nẵng, do vậy, xác định đây là đất đã có mặt bằng, không phải là đất mặt nước như Trần Văn Minh khai tại phiên tòa. Giám định viên khẳng định rõ, trên cơ sở hồ sơ quản lý của Bộ Tài nguyên và Môi trường, qua thống kê địa giới hành chính đã xác định phần diện tích 29 ha khi giao cho Công ty cổ phần xây dựng 79 không có hoạt động đền bù giải phóng mặt bằng. Do vậy, khẳng định đây là đất đã có mặt bằng. Theo quy định của pháp luật về đất đai thì giao quyền sử dụng đất trong trường hợp này là phải qua đấu giá.
Việc UBND thành phố Đà Nẵng ban hành Quyết định số 5870/QĐ-UBND ngày 12/7/2011 về việc thu hồi, giao cho Công ty Cổ phần Xây dựng 79 quản lý, sử dụng để đầu tư xây dựng nhà phố, biệt thự, công viên, quảng trường, đường đi bộ và đường giao thông thuộc Khu đô thị Quốc tế Đa Phước không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất là không đúng quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 58 của Luật Đất đai năm 2003, Khoản 1 Điều 61 Nghị định số 181/2004/NĐ-CP ngày 29/10/2004 của Chính phủ. Trên cơ sở đó, giám định viên khẳng định: việc giao Dự án 29 ha cho Công ty cổ phần xây dựng 79 của Phan Văn Anh Vũ là trái quy định pháp luật.
Các luật sư cho rằng việc khảo sát và các chứng cứ thẩm định tại Dự án 29 ha là không khách quan. Đại diện Hội đồng định giá Trung ương có mặt tại phiên tòa khẳng định, Thỏa thuận nguyên tắc liên quan đến Dự án Khu phức hợp đô thị - sân golf Đa Phước, quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng và Công ty Deawon Company Ltd không phải là văn bản xác định việc Nhà nước giao đất, cho thuê đất cho người sử dụng đất. Vì vậy, việc áp đơn giá 300.000 đồng/m2 của năm 2006 là không phù hợp với thời điểm năm 2011, trong khi tại thời điểm đó giá là hơn 4 triệu đồng/m2.
Tại thời điểm ký quyết định thu hồi và giao đất, giá trị khu đất đó là 4.788 tỷ đồng. Kết luận định giá tài sản số 04/KL ngày 29/3/2019 của Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự ở Trung ương kết luận: Căn cứ vào khảo sát thực tế và các thông tin thu thập được, đủ cơ sở kết luận giá trị quyền sử dụng đất và tài sản trên đất theo giá thị trường của Dự án 29 ha thuộc Khu đô thị quốc tế Đa Phước tại thời điểm Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố vụ án (ngày 17/4/2018) là hơn 11.322 tỷ đồng. Đại diện Hội đồng định giá Trung ương: Đây là số tiền mà các bị cáo đã gây thiệt hại cho Ngân sách Nhà nước.