Theo nội dung vụ án, năm 2016, bị can Diệp Dũng đã tự ký công văn thông báo triển khai huy động vốn 2 đợt với số tiền 10.000 tỉ đồng nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam. Đợt 1 vào tháng 3/2016, Saigon Co.op nhận được 3.000 tỉ từ các cá nhân, công ty góp vốn.
Ngày 19/8/2016, bị can Diệp Dũng không thông qua Hội đồng quản trị đã tự ý lấy 1.000 tỉ đồng từ tiền huy động vốn nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam rồi tự ý ký hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới với số tiền 1.000 tỉ đồng trên. Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á, Công ty Đô Thị Mới, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Sau đó bị can Diệp Dũng cũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm.
Các sai phạm của bị can Diệp Dũng vào đồng phạm đã gây thiệt hại cho Saigon Co.op gần 115,7 tỉ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là hơn 29,7 tỉ đồng).
Ngày 7/2/2023, Viện Kiểm sát nhân dân TP Hồ Chí Minh ra Quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung 5 vấn đề. Tới tháng 4/2023, Cơ quan An ninh điều tra đã hoàn tất điều tra bổ sung. Tuy nhiên, có 4/5 yêu cầu đến nay vẫn chưa có kết quả do Cơ quan điều tra chưa nhận được câu trả lời từ các cơ quan liên quan như: Đối với yêu cầu Cơ quan điều tra xác định rõ bản chất hai hợp đồng mà bị can Diệp Dũng ký với Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới là hợp đồng cho vay ngắn hạn hay hợp đồng hợp tác đầu tư với lợi nhuận cố định là 7%/năm trên số tiền góp vốn, Cơ quan điều tra đã ra Quyết định trưng cầu giám định viên của Sở Tài chính TP Hồ Chí Minh nhưng đến nay vẫn chưa nhận được kết luận giám định.
Về yêu cầu xác minh nguồn gốc số tiền 3.000 tỉ đồng mà các cá nhân, công ty góp vào Saigon Co.op vào tháng 3/2016, Cơ quan điều tra xác định, 3.000 tỉ đồng này có nguồn gốc từ 6 Công ty. Số tiền từ 6 Công ty này dùng góp vốn là vay ngân hàng; về nội dung của các hợp đồng, Cơ quan điều tra đã yêu cầu cung cấp tài liệu nhưng đến nay vẫn chưa nhận được câu trả lời.
