Cùng ra tòa với bị cáo Nguyễn Đức Chung (sinh năm 1967) còn có 2 bị cáo: Nguyễn Trường Giang (sinh năm 1984, nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại Dịch vụ Arktic - Công ty Arktic) và Võ Tiến Hùng (sinh năm 1967, nguyên Tổng Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội) đều bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 356, khoản 3 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Có 11 luật sư tham gia bào chữa cho 3 bị cáo, trong đó riêng bị cáo Nguyễn Đức Chung có 5 luật sư bào chữa.
Để chuẩn bị cho phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập đại diện Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội (viết tắt là Công ty Thoát nước Hà Nội) với tư cách là nguyên đơn dân sự. Ngoài ra, Hội đồng xét xử cũng triệu tập một số cán bộ của Công ty Thoát nước Hà Nội với tư cách là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan, gồm: ông Bùi Ngọc Uyên (Giám đốc Xí nghiệp Quản lý các nhà máy xử lý nước thải - trực thuộc Công ty Thoát nước Hà Nội), ông Trần Trọng Văn (nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty Thoát nước Hà Nội)…
Tòa còn triệu tập thêm một số cá nhân, tổ chức có quyền lợi nghĩa vụ liên quan khác, trong đó có đại diện UBND thành phố Hà Nội, đại diện Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Arktic, bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ bị cáo Nguyễn Đức Chung)…
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, năm 2016, UBND thành phố Hà Nội đã chỉ đạo các đơn vị liên quan triển khai thực hiện công tác xử lý, cải tạo, khắc phục ô nhiễm nước các sông, hồ trên địa bàn thành phố Hà Nội bằng cách tìm kiếm các công nghệ tiên tiến phù hợp để xử lý ô nhiễm nước hồ trên địa bàn thành phố. Bị cáo Nguyễn Đức Chung với chức năng, nhiệm vụ là Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội đã lựa chọn công nghệ xử lý nước ô nhiễm của Công ty Watch Water (Cộng hòa Liên bang Đức), tổ chức Đoàn thăm quan, thử nghiệm, đặt hàng sản xuất ra chế phẩm Redoxy - 3C để sử dụng vào việc xử lý ô nhiễm nước tại thành phố Hà Nội (trên bao bì ghi Sản phẩm thiết kế đặc biệt theo đơn đặt hàng của UBND thành phố Hà Nội). Sau đó, bị cáo Nguyễn Đức Chung chỉ đạo Võ Tiến Hùng (lúc đó là Tổng Giám đốc Công ty Thoát nước Hà Nội - doanh nghiệp 100% vốn nhà nước do UBND thành phố Hà Nội thành lập, là đơn vị có chức năng xử lý ô nhiễm nước hồ) mua chế phẩm Redoxy - 3C thông qua Công ty Arktic (Công ty trung gian do Nguyễn Trường Giang làm Giám đốc) là công ty gia đình, với động cơ vụ lợi gây thiệt hại nghiêm trọng đến tài sản của Nhà nước với tổng giá trị thiệt hại là hơn 36 tỷ đồng.
Viện Kiểm sát xác định, bị cáo Nguyễn Đức Chung là người quyết định việc mua bán chế phẩm Redoxy - 3C trái pháp luật và phân công chỉ đạo cấp dưới thực hiện trái quy định về quản lý, sử dụng vốn nhà nước để Công ty Arktic được hưởng khoản lợi nhuận không chính đáng, gây thiệt hại hơn 36 tỷ đồng cho Ngân sách Nhà nước.