Trong vụ án này, 12 bị cáo gồm: Nguyễn Quang Tuấn (sinh năm 1967, nguyên Giám đốc, Chủ tịch Hội đồng mua sắm Bệnh viện Tim Hà Nội, nguyên Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai), Hoàng Thị Ngọc Hưởng (sinh năm 1961, nguyên Phó Giám đốc Bệnh viện Tim Hà Nội), Nguyễn Thị Dung Hạnh (sinh năm 1969, nguyên Kế toán trưởng, Trưởng Phòng Tài chính kế toán, Bệnh viện Tim Hà Nội), Đoàn Trọng Bình (sinh năm 1960, nguyên Phó trưởng Phòng Vật tư y tế, Bệnh viện Tim Hà Nội), Nghiêm Tuấn Linh (sinh năm 1980, nguyên Phó trưởng Phòng Vật tư y tế, Bệnh viện Tim Hà Nội), Nguyễn Đức Đảng (sinh năm 1976, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Cổ phần thiết bị y tế Hoàng Nga - viết tắt là Công ty Hoàng Nga), Phan Tuấn Đạt (sinh năm 1967, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Phó Giám đốc Công ty Cổ phần công nghệ sinh học Kim Hòa Phát, viết tắt là Công ty Kim Hòa Phát), Phạm Huy Lập (sinh năm 1952, Giám đốc Công ty Hoàng Nga), Phạm Thị Kim Oanh (sinh năm 1981, Kế toán Trưởng Công ty Hoàng Nga), Trần Phú Hưng (sinh năm 1976, Phó Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần đầu tư và định giá AIC Việt Nam, viết tắt là Công ty Định giá AIC), Nguyễn Hồng Dũng (sinh năm 1982, Phó Tổng Giám đốc, Thẩm định viên Công ty Định giá AIC), Nguyễn Trung Dũng (sinh năm 1989, nhân viên thẩm định giá Công ty Định giá AIC) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 222, khoản 3 - Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng, từ năm 2015, bị cáo Nguyễn Quang Tuấn đã chỉ đạo cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát ký gửi trước vật tư y tế để Bệnh viện Tim Hà Nội sử dụng trước. Sau đó, hợp thức, hoàn thiện các thủ tục đấu thầu rộng rãi, chỉ định thầu rút gọn, để Nguyễn Quang Tuấn ký quyết định phê duyệt cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát trúng thầu gói thầu đấu thầu rộng rãi năm 2016, 4 gói chỉ định thầu năm 2017, nhằm thanh toán tiền hàng vật tư, hóa chất đã nhận ký gửi, sử dụng trước đó, theo đơn giá thỏa thuận giữa Nguyễn Quang Tuấn với Nguyễn Đức Đảng (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Hoàng Nga), Phan Tuấn Đạt (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Kim Hòa Phát).
Để hợp thức hồ sơ thầu mua vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch của hai công ty này, các bị cáo: Nguyễn Quang Tuấn, Hoàng Thị Ngọc Hưởng, Nguyễn Thị Dung Hạnh, Nghiêm Tuấn Linh và Đoàn Trọng Bình đã lợi dụng chức vụ quyền hạn can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu. Những người này đã thông đồng với bị cáo tại Công ty Hoàng Nga và Công ty Kim Hòa Phát để thực hiện nhiều sai phạm từ khâu lập hồ sơ thầu, đơn giá, chủng loại, số lượng Stent và các vật tư khác mà Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát sẽ bán cho Bệnh viện Tim Hà Nội.
Sau đó, các bị cáo tại Bệnh viện Tim Hà Nội thông đồng với các bị cáo tại Công ty Định giá AIC ban hành Chứng thư thẩm định giá theo yêu cầu và giá ấn định của Bệnh viện Tim Hà Nội tại kế hoạch mua sắm năm 2016 đã được Nguyễn Quang Tuấn phê duyệt, đảm bảo cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát trúng thầu, bán vật tư y tế trái quy định Luật đấu thầu, gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ Bảo hiểm xã hội số tiền hơn 22,8 tỷ đồng đối với Gói thầu số 5 năm 2016.
Cụ thể, khi tổ chức xác định giá gói thầu để phục vụ lập kế hoạch đấu thầu, bị cáo Nguyễn Quang Tuấn đã giao cho Hoàng Thị Ngọc Hưởng liên hệ tìm đơn vị thẩm định giá để ban hành chứng thư thẩm định giá theo giá Nguyễn Quang Tuấn đã phê duyệt. Sau khi liên hệ, đặt vấn đề với Công ty Định giá AIC, Hoàng Thị Ngọc Hưởng đã báo cáo Nguyễn Quang Tuấn và giao cho Đoàn Trọng Bình, Nghiêm Tuấn Linh thực hiện cung cấp thông tin thẩm định giá và làm các thủ tục hợp thức thủ tục chỉ định thầu đối với Công ty Định giá AIC. Ngày 19/12/2015, Nguyễn Quang Tuấn và Trần Phú Hưng ký Hợp đồng thẩm định giá số 031912/2015/HĐ-TĐG ghi ngày 19/12/2015, phí thẩm định 200 triệu đồng. Công ty Định giá AIC phát hành Chứng thư thẩm định giá số 062512/2015/CT-AIC đề ngày 25/12/2015 theo giá ấn định của Bệnh viện Tim Hà Nội. Tuy nhiên, thực tế đến tháng 1/2016, Chứng thư mới được ban hành.
Để hợp thức hồ sơ chỉ định thầu theo yêu cầu, Đoàn Trọng Bình, Nghiêm Tuấn Linh và nhân viên lập Biên bản ghi ngày 7/12/2015 của Hội đồng mua sắm phê duyệt lựa chọn Công ty Định giá AIC là đơn vị thẩm định giá, đưa cho Hoàng Thị Ngọc Hưởng, Nguyễn Thị Dung Hạnh, Phạm Quang Huy ký; lập Biên bản ghi ngày 7/12/2015, ngày 11/12/2015 của Tổ thẩm định về việc thẩm định báo giá gói cung cấp dịch vụ thẩm giá, đưa cho các thành viên Tổ thẩm định ký. Sau đó, Nguyễn Quang Tuấn ký hợp thức, lấy lùi ngày, chỉnh sửa số công văn đi sử dụng chứng thư thẩm định giá hợp thức đơn giá kế hoạch và tổ chức đấu thầu gói thầu mua sắm rộng rãi năm 2016.
Bị cáo Hoàng Thị Ngọc Hưởng, nguyên là Phó Giám đốc Bệnh viện Tim Hà Nội, Phó Chủ tịch Hội đồng mua sắm, Tổ trưởng Tổ thẩm định đấu thầu, biết mối quan hệ giữa Nguyễn Quang Tuấn với Nguyễn Đức Đảng, Phan Tuấn Đạt nên năm 2016 thực hiện chỉ đạo của Nguyễn Quang Tuấn, Hoàng Thị Ngọc Hưởng chỉ đạo Đoàn Trọng Bình liên hệ với Công ty Thẩm định giá AIC ban hành chứng thư thẩm định giá theo đơn giá kế hoạch đã được Nguyễn Quang Tuấn phê duyệt trước, sử dụng chứng thư hợp thức giá gói thầu; ký hợp thức các biên bản họp, tờ trình để hợp thức hóa thủ tục chỉ định Công ty Thẩm định giá AIC trúng thầu; ký hồ sơ, báo cáo để hợp thức hóa quy trình đấu thầu mua sắm vật tư, hóa chất năm 2016.
Mặt khác, theo chỉ đạo của Nguyễn Quang Tuấn, bị cáo Hoàng Thị Ngọc Hưởng thương thảo, đàm phán với các nhà thầu, đề nghị các nhà thầu chi hỗ trợ cho Bệnh viện Tim Hà Nội từ 2-5% giá trị gói thầu, trong đó có Công ty Hoàng Nga hàng năm hỗ trợ 300 triệu đồng, Công ty Kim Hòa Phát hàng năm hỗ trợ 60 triệu đồng. Các khoản tiền này không được Phòng Kế toán hạch toán.
Đến năm 2017, Nguyễn Quang Tuấn và đồng phạm tiếp tục hợp thức thủ tục chỉ định thầu đối với 4 gói chỉ định thầu rút gọn, sử dụng đơn giá vật tư của gói thầu năm 2016 để thanh toán hàng ký gửi, hàng đã sử dụng trước cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát và một số công ty gửi hàng trước đã gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ Bảo hiểm xã hội với số tiền hơn 30 tỷ đồng.
Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao kết luận: Bị cáo Nguyễn Quang Tuấn đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, cùng các đồng phạm can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu, gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ Bảo hiểm xã hội tổng số hơn 53,6 tỷ đồng, phạm vào tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.