Các bị can là lãnh đạo, cán bộ Bệnh viện Mắt TP Hồ Chí Minh bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" gồm: Nguyễn Minh Khải (Giám đốc), Võ Thị Chinh Nga (Phó Giám đốc), Nguyễn Trí Dũng (Phó Giám đốc), Phí Duy Tiến (nguyên Phó Giám đốc), Nguyễn Quốc Toản (nguyên Trưởng Khoa Phẫu thuật gây mê hồi sức), Phan Thị Bích Hạnh (Trưởng Phòng Tài chính - Kế toán), Nguyễn Đỗ Nguyên (Trưởng Khoa Tổng hợp), Lương Ngọc Tuấn (Phó Trưởng Khoa Khám mắt)
Theo cáo trạng, năm 2018, Bệnh viện Mắt trực thuộc Sở Y tế TP Hồ Chí Minh do Nguyễn Minh Khải làm Giám đốc được giao tổ chức thực hiện gói thầu "Mua sắm thủy tinh thể nhân tạo đơn tiêu năm 2018". Để tổ chức thực hiện gói thầu, ngày 19/1/2018, Nguyễn Minh Khải chủ trì họp và ký Quyết định phê duyệt dự toán gói thầu "Mua sắm Thủy tinh thể nhân tạo đem tiểu năm 2018" gồm 32 phần thầu, có tổng số vốn đầu tư hơn 184 tỷ đồng, thực hiện bằng nguồn vốn từ thu viện phí, quỹ bảo hiểm y tế, dịch vụ khám chữa bệnh và các nguồn thu hợp pháp khác của Bệnh viện. Kế hoạch lựa chọn nhà thầu được phê duyệt theo hình thức đấu thầu rộng rãi trong nước.
Với mục đích can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu trên, khi phê duyệt hồ sơ mời thầu tại Quyết định số 34/QĐ-BVM ngày 31/01/2018, bị can Khải đã chỉ đạo bổ sung tiêu chí chấm kỹ thuật "Ý kiến đánh giá của Hội đồng đánh giá hàng mẫu trên mẫu dự thầu", để sau đó sử dụng Hội đồng đánh giá hàng mẫu loại bỏ nhà thầu theo ý muốn của Khải.
Sau khi mở thầu, các nhà thầu Codupha, Tâm Hợp, Hào Tín tham gia dự thầu đều đáp ứng được yêu cầu kỹ thuật tại phần thầu số 19, 24, 28, 29. Với mục đích loại nhà thầu Codupha, cho nhà thầu Tâm Hợp và Hào Tín trúng thầu, Nguyễn Minh Khải ký Quyết định 101/QĐ-BVM, ngày 12/3/2018 thành lập Hội đồng đánh giá hàng mẫu về chuyên môn và kỹ thuật, gồm 13 thành viên; phân công Nguyễn Quốc Toản làm Chủ tịch Hội đồng.
Thực hiện chỉ đạo của Khải, các bị can khác đã can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu, trong đó Nguyễn Quốc Toản đã chỉ đạo các thành viên Hội đồng đánh giá hàng mẫu sử dụng các tiêu chí đánh giá do Hội đồng xây dựng độc lập theo ý chí chủ quan, không có trong hồ sơ mời thầu như: Mẫu mới chưa sử dụng tại bệnh viện, tại sao không sử dụng tại nước sản xuất, khó qua vết mổ 1.8mm, hai mặt lồi dễ trầy IOL để loại mặt hàng thủy tinh thể của nhà thầu Codupha và đánh giá “Đạt” đối với mặt hàng của nhà thầu Tâm Hợp tại phần thầu số 19, 24, 29 và nhà thầu Hào Tín tại phần thầu số 28.
Trên cơ sở biên bản số 01 ngày 08/5/2018 của Hội đồng đánh giá hàng mẫu, Võ Thị Chinh Nga chỉ đạo các thành viên tổ chuyên gia ký báo cáo đánh giá hồ sơ đề xuất kỹ thuật ngày 11/5/2018, Phan Thị Bích Hạnh thay mặt bên mời thầu ký Tờ trình số 03/TTr-BMT ngày 14/5/2018, Phí Duy Tiến chỉ đạo thành viên tổ thẩm định ký Báo cáo ngày 01/6/2018, tất cả đều thống nhất với ý kiến đánh giá hồ sơ đề xuất kỹ thuật của Hội đồng đánh giá hàng mẫu.
Trên cơ sở đó Nguyễn Minh Khải ký Quyết định số 296/QĐ-BVM phê duyệt nhà thầu Tâm Hợp đáp ứng được yêu cầu kỹ thuật của phần thầu số 19, 24, 29; nhà thầu Hào Tín đáp ứng được yêu cầu kỹ thuật của phần thầu số 28; nhà thầu Codupha không đạt yêu cầu về kỹ thuật tại các phần thầu trên mặc dù đều đạt yêu cầu về kỹ thuật tại các phần thầu này. Sau khi nhận được kiến nghị của nhà thầu Codupha về kết quả chấm kỹ thuật, Nguyễn Minh Khải đã tổ chức họp với Hội đồng đánh giá hàng mẫu và các thành viên khác, chỉ đạo, thống nhất lý do trả lời nhà thầu Codupha "Khó đặt qua vết mổ nhỏ 2.2mm, nếu qua được sẽ có hiện tượng trầy xước kính" để giữ nguyên kết quả chấm kỹ thuật đã phê duyệt.
Nhà thầu Codupha đã bị loại ở phần đánh giá hồ sơ đề xuất kỹ thuật sẽ không được đánh giá về tài chính. Võ Thị Chinh Nga cùng các thành viên tổ chuyên gia ký báo cáo đánh giá hồ sơ đề xuất tài chính ngày 14/6/2018, chấp thuận giá đối với mặt hàng của nhà thầu Tâm Hợp và Hào Tín, để Nguyễn Minh Khải ký Quyết định số 343/QĐ-BVM ngày 15/6/2018 phê duyệt danh sách nhà thầu Tâm Hợp và Hào Tín trúng thầu.
Sau đó, Phan Thị Bích Hạnh cùng các thành viên bên mời thầu ký tờ trình số 04/TTr-BMT ngày 21/6/2018, Phí Duy Tiến cùng các thành viên Tổ thẩm định ký báo cáo thẩm định kết quả lựa chọn nhà thầu ngày 22/6/2018 để Nguyễn Minh Khải ký Quyết định số 358/QĐ-BVM ngày 25/6/2018 phê duyệt kết quả lựa chọn nhà thầu. Sau đó, Nguyễn Minh Khải ký các hợp đồng mua thủy tinh thể với Công ty Tâm Hợp, Công ty Hào Tin và thanh toán tiền theo các hợp đồng đã ký, gây thiệt hại cho Quỹ Bảo hiểm y tế và người bệnh số tiền 14,215 tỷ đồng.
Về trách nhiệm dân sự, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đề nghị Tòa án tuyên các bị can liên đới bồi thường số tiền thiệt hại trên. Đối với các nhà thầu trong vụ án, Cơ quan điều tra chưa phát hiện chứng cứ về việc có sự "tác động" tới lãnh đạo bệnh viện để trúng thầu nên chưa có căn cứ xem xét xử lý.
Trong vụ án này, Cơ quan điều tra đã làm việc với 11.161 bị hại là người bệnh, trong đó có 1.979 người đề nghị bồi thường thiệt hại.