Theo đó, Hội đồng xét xử đã tuyên phạt bị cáo Trần Đức Hải (sinh năm 1961, nguyên Phó Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) và Phạm Văn Thông (sinh năm 1970, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) cùng mức án 6 năm tù; Vũ Mạnh Hùng (sinh năm 1972, nguyên Quyền Trưởng phòng Kế hoạch đầu tư, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) 5 năm tù về cùng tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 356, khoản 3 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Tại phiên tòa đã làm rõ: Từ tháng 12/2015 đến tháng 1/2016, các bị cáo Trần Đức Hải, Phạm Văn Thông và Vũ Mạnh Hùng đã có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao để thu tiền của 14 người đại diện cho 16 nhà thầu trái quy định. Sau khi thu được tiền, các bị cáo đã không quản lý và sử dụng theo quy định của Nhà nước, gây thiệt hại hơn 4,2 tỷ đồng và 27.900 USD, quy đổi tương đương hơn 4,8 tỷ đồng.
Cụ thể, tháng 12/2014, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có tờ trình về việc xây dựng kế hoạch quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa quốc gia năm 2015. Trên cơ sở tờ trình, Bộ Giao thông vận tải đã ban hành Quyết định phê duyệt kế hoạch bảo trì kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa, trong đó có các gói thầu thi công các công trình đường thủy nội địa. Cục Đường thủy nội địa Việt Nam là chủ đầu tư các công trình này, Ban Quản lý dự án được nhận làm tư vấn giám sát thi công.
Từ cuối năm 2015 đến tháng 1/2016, Trần Đức Hải cùng với Phạm Văn Thông được giao thực hiện công việc thương thảo, ký kết, thanh lý hợp đồng, nghiệm thu công trình đưa vào sử dụng đối với các gói thầu thi công các công trình đường thủy nội địa do 16 nhà thầu thi công. Lợi dụng chức vụ và nhiệm vụ được phân công, Hải đã có hành vi chỉ đạo cho Thông thu tiền trái quy định của 14 cá nhân đại diện cho 16 nhà thầu số tiền tương đương 4,8 tỷ đồng nói trên. Cơ quan điều tra đã thu giữ một số phong bì, một số trang giấy viết tay có tên công ty, ghi rõ phần tính toán về số tiền được thanh toán, tỷ lệ phần trăm nộp lại, tổng số tiền nộp lại...
Hùng biết Thông thu tiền trái quy định của các nhà thầu và được Thông bàn bạc quản lý số tiền thu được. Trong đó, Hùng đã 7 lần nhận của Thông số tiền 808 triệu đồng trong số tiền mà Thông đã thu trái pháp luật của các nhà thầu để chi cho Lễ kỷ niệm 60 năm ngày thành lập ngành Đường thủy nội địa. Ngoài ra, Hùng còn có một số lần nhận tiền từ Thông để chi tiếp khách, phục vụ các hoạt động thể thao, kinh phí đào tạo...
Sau khi tiến hành thanh tra, các bị cáo và những người liên quan đã tự nguyện nộp trả lại số tiền hơn 4,8 tỷ đồng nói trên. Số tiền này đã được nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quyết định của thanh tra Bộ Giao thông vận tải.