Theo cáo trạng, năm 2015, Trần Nguyên Chuân sử dụng điện thoại di động thường xuyên truy cập vào ứng dụng Youtube trên mạng internet có nội dung liên quan đến tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” do đối tượng Đào Minh Quân (sinh sống ở Mỹ) cầm đầu. Trong các đoạn video trên ứng dụng Youtube có giới thiệu về tài khoản Facebook của Đào Minh Quân và các trang Web của tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”. Tháng 3/2017, Chuân đã có hành vi bỏ phiếu trưng cầu dân ý bầu Đào Minh Quân làm "Tổng thống đệ III Việt Nam cộng hòa", làm đơn xin tự nguyện tham gia vào tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”.
Từ tháng 6/2018 đến tháng 3/2020, Chuân tham gia họp trực tuyến trên ứng dụng Free Conferencecall (FCC) do tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” điều hành. Chuân còn trực tiếp tuyên truyền, lôi kéo Trương Văn Chúc tham gia trưng cầu dân ý và bầu Đào Minh Quân làm "Tổng thống đệ III Việt Nam cộng hòa", gửi các thông tin cá nhân của Trương Văn Chúc và Lê Thị Minh Thu (vợ của Chúc) để đối tượng Vũ Hoàng Tôn làm trưng cầu dân ý cho Chúc và Thu. Sau đó, Chuân gửi bản tường trình và lý lịch cá nhân để xin tự nguyện tham gia vào “Quân lực Việt Nam cộng hòa”, đơn xin tự nguyện tham gia vào “Liên đoàn hậu duệ đệ III Việt Nam cộng hòa”.
Ngày 8/3/2020, Chuân được tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” ký lệnh bổ nhiệm mang quân hàm Thiếu tá, Phụ trách phòng 3, Bộ Tổng tham mưu của tổ chức này, sau đó được thuyên chuyển sang làm Phụ tá Bộ Chỉ huy quân cảnh tư pháp của tổ chức. Ngoài ra, Chuân còn tích cực hoạt động trên không gian mạng bằng việc đăng tải, chia sẻ các bài viết, đường dẫn, chia sẻ video phát trực tuyến và video phát trên Youtube có nội dung kêu gọi mọi người trên không gian mạng tham gia trung cầu dân ý và tham gia vào tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”; chia sẻ nội dung từng phần và toàn bộ Hiến pháp đệ III Việt Nam cộng hòa thông qua các bài viết trên trang Facebook cá nhân và chia sẻ các đường link ở phía dưới các bài viết đã đăng tải; xuyên tạc, bôi nhọ lãnh tụ, vu khống, nói xấu các đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước qua các thời kỳ; tuyên truyền xuyên tạc các chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước; quảng bá đề cao hình ảnh của Đào Minh Quân và các hoạt động chống phá của tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”.
Đến ngày 1/9/2020, Trần Nguyên Chuân bị Cơ quan An ninh điều tra - Công an tỉnh Đắk Lắk khởi tố, bắt giữ. Tại Cơ quan công an và tại phiên tòa, bị cáo Trần Nguyên Chuân đã thừa nhận toàn bộ hành vi phạm tội của mình, phù hợp với các tài liệu chứng cứ đã thu thập trong hồ sơ vụ án. Hội đồng xét xử xét thấy hành vi của bị cáo Trần Nguyên Chuân là rất nghiêm trọng, nguy hiểm cho xã hội, xâm phạm đến sự thống nhất về nền tảng tư tưởng chính trị do Đảng cộng sản Việt Nam lãnh đạo, làm suy giảm lòng tin của nhân dân đối với thể chế chính trị của Nhà nước Việt Nam, đe dọa đến sự vững mạnh của chính quyền nhân dân, xâm phạm đến an ninh quốc gia và trật tự an toàn xã hội.
Kết thúc phiên tòa, căn cứ khoản 2 Điều 109 của Bộ luật Hình sự năm 2015, Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Trần Nguyên Chuân 6 năm 6 tháng tù giam về tội “Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”.