Quá trình điều tra xác định, Công ty Cổ phần Thuốc lá và Thực phẩm Bắc Giang là doanh nghiệp có vốn góp của Nhà nước. Ngày 2/6/2008, Phạm Hồng Thuận là Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc Công ty nhận bàn giao số liệu kế toán từ ông Nguyễn V. thì giá trị vốn góp Nhà nước là hơn 2,1 tỉ đồng. Từ thời điểm đó đến năm 2018, Phạm Hồng Thuận là người được giao quản lý phần vốn góp Nhà nước tại Công ty.
Trong quá trình quản lý doanh nghiệp, mặc dù biết hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty không hiệu quả, tình trạng thua lỗ kéo dài qua nhiều năm, nhưng Phạm Hồng Thuận không tổ chức Đại hội cổ đông thường niên, không thực hiện báo cáo tài chính từ năm 2013 - 2018; không báo cáo Uỷ ban nhân dân tỉnh Bắc Giang về hoạt động sản xuất, kinh doanh và việc sử dụng tài sản của Công ty để thế chấp vay vốn ngân hàng, dẫn tới không có khả năng trả nợ. Đến nay, cơ quan điều tra xác định toàn bộ tài sản, nguồn vốn của Công ty đã bị thất thoát.
Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Bắc Giang tiếp tục điều tra, mở rộng vụ án.