Cùng với ngân sách đầu tư theo mức chung của thành phố, các đơn vị thực hiện mô hình trường học tiên tiến được chủ động xây dựng mức thu theo thỏa thuận với phụ huynh để trang trải chi phí đào tạo nhưng không được quá 1,5 triệu đồng/học sinh/tháng.
Việc triển khai mô hình này nhằm đáp ứng nhu cầu học tập của học sinh và yêu cầu của xã hội, giúp tiếp cận với giáo dục ở các nước trong khu vực, quốc tế nhưng vẫn mang đậm bản sắc dân tộc, góp phần nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện theo hướng chuẩn hóa, hiện đại hóa, xã hội hóa, hội nhập quốc tế. Cùng với yêu cầu về kết quả học tập các môn, các trường chú trọng tới kỹ năng tiếng Anh và Tin học cho học sinh, trong đó kết quả giáo dục phải có trên 50% học sinh đạt chuẩn quốc tế về 2 môn này. Bên cạnh đó, học sinh còn được tham gia các hoạt động năng khiếu, tự chọn, kỹ năng sống, ngoại khóa, trải nghiệm... góp phần phát huy được năng lực bản thân.
Được đánh giá có nhiều ưu điểm nhưng qua thực tế triển khai cho thấy, việc triển khai mô hình này ở bậc Tiểu học gặp không ít khó khăn, khó có thể nhân rộng. Trong đó, nguyên nhân chủ yếu là do số học sinh ở bậc học này mỗi năm tăng cao, khiến tỷ lệ học sinh được học 2 buổi/ngày giảm xuống, sĩ số học sinh/lớp vượt so với chuẩn (quy định không quá 30 học sinh/lớp).
Năm thứ 3 thực hiện mô hình này, Trường Tiểu học Bàu Sen, Quận 5 gặp khó khăn trong việc đảm bảo sĩ số lớp học theo quy định. Nhất là năm học 2018-2019 số học sinh trên địa bàn tăng đột biến nên sĩ số lớp học tăng lên 37 học sinh/lớp, qua các giải pháp tháo gỡ khó khăn, đến nay, sĩ số lớp học của trường vẫn duy trì ở mức 32 học sinh/lớp.
Mặt khác, theo bà Trương Diệu Thừa, Hiệu trưởng nhà trường, trường thực hiện tuyển sinh đại trà giống các trường theo phân tuyến địa bàn nên khó chọn được học sinh đáp ứng điều kiện để theo học chương trình. Vì thế, nhiều học sinh không đáp ứng được điều kiện để theo học chương trình này, nhất là việc đáp ứng chuẩn đầu ra về tiếng Anh và Tin học còn khó khăn. Do đó, nhà trường mong muốn trong năm học tới sẽ được tự chủ tuyển sinh để có thể chọn lựa học sinh phù hợp.
Nhiều trường cũng đang gặp khó khăn trong công tác tuyển sinh, tuyển dụng giáo viên tiếng Anh và Tin học, trong khi chuẩn đầu ra 2 môn này là yếu tố đánh giá chất lượng giáo dục của nhà trường. Cùng với đó, cơ sở vật chất xuống cấp, thiếu trang thiết bị dạy học cũng khiến các trường đang triển khai mô hình này gặp khó.
Thành phố định hướng mỗi quận huyện có ít nhất một trường ở mỗi cấp học thực hiện mô hình này. Tuy nhiên, đến nay, nhiều quận, huyện chưa thực hiện được mục tiêu này do áp lực gia tăng dân số cơ học, kéo theo số học sinh tăng cao, nhất là các đầu cấp Tiểu học.
Theo Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh, do áp lực đảm bảo đủ chỗ học cho học sinh trên địa bàn trong điều kiện số học sinh tăng cao nên qua 4 năm thực hiện ở bậc Tiểu học, đến nay, thành phố mới có 13 trường Tiểu học ở 12 quận thực hiện mô hình trường học tiên tiến. Cụ thể, trong năm đầu tiên triển khai ở bậc Tiểu học năm học 2016-2017, thành phố có 8 trường thực hiện. Tuy nhiên, đến năm học 2018-2019 không có thêm trường nào đăng ký thực hiện, năm học này cũng chỉ có thêm một trường đăng ký mới.