Theo Công an Đồng Nai, qua thời gian thu thập tin báo tố giác tội phạm cùng các tài liệu, chứng cứ, cũng như kết quả giám định, cơ quan Công an nhận thấy vụ việc tại Công ty Thuận Phong không có dấu hiệu tội phạm
Căn cứ kết quả điều tra, cơ quan Công an nhận định, hành vi nhập khẩu phân bón, sang chiết, đóng chai phân bón nhập khẩu và buôn bán phân bón của Công ty Thuận Phong chỉ là vi phạm hành chính, không cấu thành tội buôn bán hàng cấm và tội sản xuất, buôn bán hàng giả là phân bón quy định tại các Điều 155, 158 Bộ luật Hình sự năm 1999.
Đây là lần thứ 2 cơ quan Công an ra quyết định không khởi tố vụ án hình sự xảy ra tại Công ty Thuận Phong. Trước đó, tháng 4/2016, Công an Đồng Nai kết luận các hành vi của Công ty Thuận Phong không cấu thành tội phạm nên đã ra quyết định không khởi tố vụ án hình sự, đồng thời chuyển hồ sơ vụ việc cho cơ quan quản lý thị trường xử lý vi phạm hành chính.
Tháng 5/2016, lực lượng quản lý thị trường Đồng Nai đã mở kho niêm phong (ở phường Long Bình, thành phố Biên Hòa) để trả lại tài sản cho Công ty Thuận Phong. Sau đó, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao có văn bản yêu cầu hủy bỏ quyết định không khởi tố vụ án hình sự để tiếp tục điều tra.
Nghi án Công ty Thuận Phong sản xuất phân bón giả gây tranh cãi ở nhiều cấp với những quan điểm xử lý khác nhau. Vì vậy, các cơ quan tố tụng của Đồng Nai đã chờ kết quả giám định của các bộ, ngành liên quan về các mẫu phân bón thu được tại Công ty Thuận Phong. Đến nay, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Đồng Nai đã đưa ra kết luận.
Trước đó, ngày 24/4/2015, Ban Chỉ đạo Quốc gia chống buôn lậu gian lận thương mại và hàng giả (Ban chỉ đạo 389) phối hợp với cơ quan chức năng tỉnh Đồng Nai tiến hành kiểm tra đột xuất tại xưởng sản xuất của Công ty Thuận Phong. Do phát hiện Công ty Thuận Phong có dấu hiệu vi phạm trong sản xuất, kinh doanh, lực lượng chức năng đã niêm phong nhà máy sản xuất của công ty, chuyển hồ sơ cho Công an tỉnh Đồng Nai điều tra, làm rõ.