Cụ thể, vào lúc 21 giờ 10 ngày 6/10, tổ công tác của Thủy đoàn I bí mật làm nhiệm vụ tại khu vực cửa Ba Lạt (xã Giao Thủy, huyện Giao Thủy) đã phát hiện phương tiện BN-13XX gắn số đăng kiểm V99-006XX đang tiến hành hút cát từ dưới biển lên 2 khoang chứa hàng của phương tiện. Vị trí phương tiện BN-13XX đang khai thác cát cách điểm gần nhất của khu vực mỏ được cấp phép là 375m. Tiến hành kiểm tra, Tổ công tác ghi nhận trên phương tiện BN-13XX có năm người làm việc. Thuyền trưởng Trần Văn Mạnh (sinh năm 1981) đã xuất trình một số giấy tờ có liên quan.
Tiếp đó, đến 21 giờ 20, tổ công tác phát hiện thêm phương tiện TB-12XX đang khai thác cát bằng hình thức kéo rùa lên 2 khoang chở hàng của phương tiện. Vị trí phương tiện TB-12XX đang khai thác cát cách điểm gần nhất của khu vực mỏ được cấp phép là 2.615m. Kiểm tra tại chỗ, trên phương tiện này đã khai thác được khoảng 300 m3 chứa trong 2 khoang. Tổ công tác Cảnh sát đường thủy cũng xác định trên tàu TB-12XX có năm người làm việc, do Mai Văn Thưởng lái tàu.
Chỉ sau đó khoảng 10 phút, tổ Cảnh sát đường thủy phát hiện thêm phương tiện HD-02XX đang khai thác cát bằng hình thức kéo rùa lên 2 khoang chở hàng của phương tiện. Vị trí phương tiện HD-02XX đang khai thác cát cách điểm gần nhất của khu vực mỏ được cấp phép là 2.368m. Thời điểm lực lượng chức năng kiểm tra, trên tàu HD-02XX có năm người, do Phạm Văn Lực (sinh năm 1972) làm thuyền trưởng và cũng là chủ tàu.
Thuyền trưởng Phạm Văn Lực đã xuất trình một số giấy tờ liên quan đến phương tiện và người điều khiển phương tiện; không xuất trình được giấy phép khai thác khoáng sản (cát) do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp; không xuất trình được hóa đơn, chứng từ chứng minh nguồn gốc số cát chứa trên khoang chở hàng của phương tiện.
Tiếp tục làm nhiệm vụ, lúc 21 giờ 40, tổ công tác phát hiện phương tiện gắn số đăng ký BN-25XX, gắn số đăng kiểm VR1503833XX treo trước khoang lái (qua kiểm tra xác minh, phương tiện trên có số đăng ký NĐ-27XX, VR140346XX); phương tiện có gắn thiết bị, máy móc đang khai thác cát bằng hình thức hút từ dưới biển lên 2 khoang chở hàng của phương tiện. Vị trí phương tiện BN-25XX đang khai thác cát cách điểm gần nhất của khu vực mỏ được cấp phép là 435m. Thời điểm kiểm tra, trên phương tiện đã khai thác được khoảng 300 m3 chứa trong 2 khoang chở hàng. Phương tiện do Phạm Văn Thời (sinh năm 1982) điều khiển.
Vào 22 giờ 15, tổ công tác của Thủy đoàn I phát hiện phương tiện QN-77XX đang khai hút cát từ dưới biển lên 2 khoang chở hàng của phương tiện. Vị trí phương tiện QN-77XX đang khai thác cát cách điểm gần nhất của khu vực mỏ được cấp phép là 940m. Thời điểm kiểm tra, trên phương tiện đã khai thác được khoảng 300 m3 chứa trong 2 khoang chở hàng. Trên phương tiện gắn biển số QN-77XX có bảy người làm việc, do Lê Văn Duy (sinh năm 1982) điều khiển.
Thuyền viên trên phương tiện không xuất trình được giấy tờ liên đến phương tiện và bằng cấp, chứng chỉ chuyên môn; không xuất trình được giấy phép khai thác khoáng sản (cát) do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp; không biết được vị trí tàu đang khai thác cát có được cấp phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hay không.
Tổ công tác Thủy đoàn I đã yêu cầu các phương tiện dừng hoạt động; tiến hành lập biên bản vụ việc; lập biên bản xác định vị trí và đo đạc, lấy mẫu; lấy lời khai của những người có liên quan; củng cố hồ sơ ban đầu và hiện đang tiếp tục xác minh làm rõ vụ việc theo quy định của pháp luật.