Cuộc bao vây Banska Bystrica của quân Đức được siết chặt hơn sau khi máy bay Mỹ rời đi. Bộ chỉ huy OSS ở Bari lên một kế hoạch giải cứu nhưng thời tiết xấu khiến máy bay không thể cất cánh. Ngày 25/10, khi cuộc kháng cự có tổ chức của quân Slovakia thất bại, phần lớn người Mỹ - đội của OSS và các phi công còn sót lại - đi xe bus tới Donovaly, cách đó 16 dặm về phía bắc. Morton cùng Đại úy Hải quân James Gaul ở lại thành phố thêm hai ngày nữa. Khi chỉ còn vài giờ đồng hồ, họ rời đi cùng phiên dịch Josef Pionteck và nhập cùng một nhóm binh sĩ, nghĩa quân và thường dân để chạy vào núi ẩn nấp. Trên đường đi, họ trúng hỏa lực của máy bay và pháo Đức, thậm chí còn bị các đơn vị trên bộ của Đức truy đuổi. Tất cả là một mớ hỗn loạn.
Cuộc không kích đường sắt Rome năm 1943. Morton là một trong những phóng viên Đồng minh đầu tiên được thấy ở Rome trong đầu cuộc chiến. |
Morton, Gaul và Piontek cuối cùng cũng gặp được những người Mỹ khác ở Donovaly. Nhóm này quyết định rút sâu hơn vào núi Tatra và hướng tới tuyến quân của Liên Xô, được cho là cách đó khoảng 1 tuần đi bộ.
Trong 6 tuần, Morton và những người khác trốn chạy quân Đức trong rừng rậm và tìm cách đến chỗ Hồng quân. Thời tiết khi đó thì vô cùng tồi tệ. Gió mạnh, suối thì đóng băng. Một số người tuyệt vọng đã phải giết ngựa thồ làm thức ăn. Nhiều người đã bị chết cóng. Một số bị tê cóng và viêm phổi.
Cuối tháng 11, sau khi thoát khỏi một cuộc tấn công của quân Đức, nhóm này hướng đến ngôi làng Polomka ở miền trung Slovakia. Sau khi một cơn bão tuyết kéo đến, Morton và những người đi cùng leo 6 giờ lên một vùng núi hẻo lánh để tránh nạn.
Trong đêm Giáng sinh, phiên dịch viên Maria Gulovich, 2 người Mỹ và 2 người Anh rời sang một nơi trú ẩn khác cách đó khá xa. Gulovich kể lại rằng Morton đi cùng họ khoảng 1 tiếng hoặc hơn nhưng rồi lại quay trở lại. Sau hai tuần lặn lội dưới nhiệt độ khắc nghiệt, Gulovich và nhóm của bà cuối cùng đã gặp được quân Liên Xô, nhưng lại bị bắt vì bị nghi là gián điệp. Bị giải về Bucharest, họ sớm được thả nhờ các kênh ngoại giao.
Tình hình của Morton và những người ở lại thì bi đát hơn. Một ngày sau Giáng sinh, khoảng 300 lính Đức đã đến nơi và bắt giữ họ, đốt sạch mọi thứ, trong đó có cả những cuốn sổ ghi chép của Morton. Quân Đức ban đầu đưa Morton và những người khác đến Bratislava để xét hỏi, sau đó đưa tới trại tập trung Mauthausen, phía đông thành Linz, Áo. Tại đó các mật vụ OSS bị thẩm vấn và tra tấn dưới sự chỉ đạo của các sĩ quan Gestapo Đức. Sau chiến tranh, người ta mới biết được quân Đức bắt Holt Green cúi gập, trói tay sau đầu gối rồi quất roi đến tóe máu. Chúng còn trói tay một mật vụ khác sau lưng trước khi treo lên trần bằng dây xích.
Morton, khi đó mặc quân phục, nói rằng ông không phải binh sĩ mà là một nhà báo của AP, chỉ tay vào phù hiệu nhà báo và thậm chí còn đưa ra thẻ căn cước. Nhưng dù không bị tra tấn, cuối cùng vai trò phóng viên cũng không giúp gì được ông. Ngày 24/1/1945, điện tín từ Berlin của quân Phát xít ra lệnh cho chỉ huy của Mauthausen hành quyết tất cả thành viên của nhóm Slovakia.
Án tử hình này dựa trên mệnh lệnh của Hitler ngày 18/10/1942 yêu cầu phớt lờ Công ước Geneva về đối xử với tù nhân chiến tranh và hành quyết mọi lính Đồng minh bị bắt trong phòng tuyến của Đức. Quân Phát xít lắp một chiếc camera trong phòng hành hình ở Mauthausen. Các tù nhân xếp hàng ngoài sân, lần lượt được giải vào phòng và được cho biết họ sẽ bị chụp ảnh. Khi mỗi người quay mặt vào camera, một tên lính cầm súng bước tới và bắn vào gáy họ. Thi thể của họ sau đó được hỏa thiêu.
Lúc đó, không ai rõ hành tung của Morton. AP giữ im lặng vì họ sợ rằng thông tin về việc ông mất tích có thể khiến ông gặp nguy hiểm nếu ông còn sống. Tuy nhiên, tại London, người ta bắt đầu có tin tức về một nhóm 17 người Anh và Mỹ bị bắt ở Slovakia, bị xét xử tại tòa án quân sự và bị bắn chết vào tháng 1/1945.
Các nhà điều tra của Đồng minh và OSS nhận được tin tức chính xác đầu tiên về số phận của Morton vào tháng 4/1945 khi quân Đồng minh bắt giữ Werner Muller, thông dịch viên trong các cuộc xét hỏi ở Mauthausen. Ông ta kể lại tên của những mật vụ OSS và chỉ đích danh “phóng viên Morton của AP”. Các nhà điều tra của OSS ban đầu im lặng trước thông tin này cho tới khi có thêm bằng chứng.
Chi tiết về số phận của Morton vẫn nằm trong vòng bí mật cho tới lúc cuộc chiến kết thúc, khi nhà báo Lynn Heinzerling của AP được giao nhiệm vụ tìm hiểu vụ mất tích này. Ông và một thành viên của Hội đồng tội ác chiến tranh của quân Đồng minh đã tới Mauthausen để tìm hiểu những lời khai của Morton và phỏng vấn một tù nhân làm việc di dời các thi thể sau khi hành quyết. Họ cũng gặp Wilhelm Ornstein, một người Do Thái Ba Lan và là cựu tù nhân ở đây, khi ông này chia sẻ thông tin chi tiết về giây phút cuối cùng của Morton và những người khác. Heinzerling đã bị choáng váng.
Trước những thông tin có được, Heinzerling xác nhận Morton đã bị xử tử vào ngày 24/1/1945. Không có bằng chứng nào cho thấy ông được xét xử trước khi bị hành quyết. Heinzerling trở về Rome và viết báo cáo hoàn chỉnh đầu tiên về vụ sát hại người bạn và cũng là đồng nghiệp Morton của mình. Còn OSS và Không lực số 15 thì đều bác bỏ rằng họ đã cho phép Morton đi theo và đổ lỗi cho nhau về sự xuất hiện của ông.
Morton đã không gửi được bài viết nào về từ Slovakia, và cũng chưa bao giờ được biết tên con gái mình.