Theo báo cáo, dự án được Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Quốc phòng là cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với khu bay quân sự và UBND tỉnh Bình Thuận là cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với hạng mục hàng không dân dụng. Ngày 23/2/2018, Thủ tướng đã ban hành Quyết định số 236/QĐ-TTg phê duyệt điều chỉnh Quy hoạch phát triển giao thông vận tải hàng không giai đoạn đến năm 2020, định hướng đến năm 2030.
Bộ Giao thông Vận tải ban hành Quyết định số 1925/QĐ-BGTVT ngày 29/8/2018 phê duyệt điều chỉnh quy hoạch chi tiết Cảng hàng không Phan Thiết giai đoạn đến năm 2020, định hướng đến năm 2030. Theo đó, sân bay Phan Thiết được điều chỉnh từ sân bay cấp 4C, đường cất hạ cánh dài 2.400 m, công suất khai thác 500.000 hành khách/năm lên thành cảng hàng không quốc nội cấp 4E, đường cất hạ cánh dài 3.050 m, nhà ga hành khách có công suất thiết kế 2 triệu hành khách/năm.
Đối với dự án sân bay quân sự tại Phan Thiết (Dự án eKQ920), Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt chủ trương đầu tư dự án tại Quyết định số 25/QĐ-TTg ngày 18/3/2021 và Bộ Quốc phòng đã phê duyệt Báo cáo nghiên cứu khả thi dự án tại Quyết định số 1089/QĐ-BQP ngày 18/4/2021. Hiện nay, khu quân sự đang triển khai thi công xây dựng các hạng mục quân sự và đường cất hạ cánh. Tiến độ thi công đạt trên 60% khối lượng công việc.
Đối với hạng mục hàng không dân dụng theo hình thức hợp đồng BOT, do tổng mức đầu tư dự án tăng trên 10% (điều chỉnh từ cấp 4C lên 4E), căn cứ khoản 1 Điều 18 Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư phải điều chỉnh chủ trương đầu tư. Đồng thời, thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Phạm Minh Chính và Phó Thủ tướng Lê Văn Thành yêu cầu tỉnh Bình Thuận rà soát năng lực của nhà đầu tư, xem xét lựa chọn nhà đầu tư khác có đủ năng lực để thay thế.
Việc lựa chọn nhà đầu tư phải công khai, minh bạch, đúng quy định, đảm bảo uy tín, năng lực để hoàn thành công trình đồng bộ với sân bay quân sự. UBND tỉnh Bình Thuận đã chỉ đạo các sở, ngành, địa phương hoàn chỉnh chủ trương đầu tư trình Hội đồng thẩm định liên ngành của Trung ương thẩm định; đồng thời rà soát quy định pháp luật, năng lực của nhà đầu tư, chủ động làm việc với nhà đầu tư.
Đến nay, UBND tỉnh đã có văn bản gửi nhà đầu tư đề nghị thống nhất chấm dứt Hợp đồng BOT trước thời hạn. Đồng thời, UBND tỉnh đang khẩn trương hoàn chỉnh hồ sơ thỏa thuận chấm dứt Hợp đồng BOT trước thời hạn để báo cáo Thủ tướng xem xét, quyết định theo đúng thẩm quyền.
Đến tháng 6/2023, Cảng hàng không Phan Thiết đã hoàn thành bồi thường, giải phóng mặt bằng 545,56 ha, gồm: mặt bằng sân bay 542 ha, đài Vor 1 ha và đài dẫn đường K2 2,56 ha. Ủy ban nhân dân tỉnh đã giao đất cho Bộ Quốc phòng 150 ha khu quân sự; 247,4 ha khu bay (khu dùng chung); 2,56 ha đài dẫn đường K2. Việc nâng cấp từ sân bay cấp 4C lên 4E đã tăng tổng mức đầu tư lên hơn 3.800 tỷ đồng nên phải điều chỉnh lại chủ trương đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư.