Tuy nhiên, trước khi đại diện Viện Kiểm sát luận tội, Hội đồng xét xử thông báo bị cáo Nguyễn Minh Khải đã xin khắc phục một phần hậu quả là 1 tỉ đồng. Bị cáo Nguyễn Minh Khải gửi lời xin lỗi đến các bác sĩ là bị cáo trong vụ án, là những bác sĩ có kinh nghiệm, chuyên môn cao, nhiệt huyết với nghề; dù các bác sĩ có tha lỗi thì lương tâm bị cáo cũng day dứt. Vì vậy, bị cáo Khải xin nhận một phần trách nhiệm và mong Hội đồng xét xử, đại diện Viện Kiểm sát xem xét.
 
Trước đó, trong phần xét hỏi, đối với thiệt hại của vụ án như Viện Kiểm sát truy tố, bị cáo Khải nói chưa đồng ý vì cho rằng bị cáo mua sản phẩm tốt điều trị cho bệnh nhân; không đồng ý với thiệt hại của quyết định giám định trong hồ sơ vụ án nên chưa khắc phục hậu quả. 
 
Trước diễn biến mới trên, đại diện Viện Kiểm sát đã ghi nhận và bắt đầu phần luận tội. Cụ thể, Bệnh viện Mắt trực thuộc Sở Y tế TP Hồ Chí Minh do Nguyễn Minh Khải làm Giám đốc được giao tổ chức thực hiện gói thầu "Mua sắm thủy tinh thể nhân tạo đơn tiêu năm 2018". Với mục đích can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu trên, khi phê duyệt hồ sơ mời thầu tại Quyết định số 34/QĐ-BVM ngày 31/01/2018, bị cáo Khải đã chỉ đạo bổ sung tiêu chí chấm kỹ thuật "Ý kiến đánh giá của Hội đồng đánh giá hàng mẫu trên mẫu dự thầu", để sau đó sử dụng Hội đồng đánh giá hàng mẫu loại bỏ nhà thầu theo ý muốn của Khải.

Kết quả điều tra và thẩm vấn công khai tại phiên tòa xác định, các bị cáo đã tiếp nhận, hiểu và thực hiện theo chỉ đạo của Khải để loại nhà thầu Codupha trái pháp luật. Cụ thể, bị cáo Nguyễn Quốc Toản (nguyên Trưởng khoa Phẫu thuật gây mê hồi sức) là người tiếp nhận trực tiếp ý chí chỉ đạo của Khải để truyền đạt lại cho các thành viên Hội đồng đánh giá hàng mẫu thực hiện. Do phải thực hiện theo chỉ đạo của Khải nên trong hồ sơ mời thầu không quy định cụ thể các tiêu chí kỹ thuật để làm cơ sở pháp lý chấm thầu, Hội đồng hàng mẫu phải sử dụng các chuyên môn cá nhân, tự xây dựng theo ý chí chủ quan để loại nhà thầu Codupha với lý do: “Mẫu mới chưa sử dụng tại bệnh viện; tại sao không sử dụng tại nước sản xuất; khó qua vết mổ 1.8mm; hai mặt lồi dễ trầy IOL” để loại mặt hàng thủy tinh thể của nhà thầu Codupha tại phần thầu số 19, 24, 28, 29 và đánh giá “Đạt” đối với mặt hàng của nhà thầu Tâm Hợp tại phần thầu số 19, 24, 29 và nhà thầu Hào Tín tại phần thầu số 28. 

Đại diện Viện Kiểm sát đánh giá, bị cáo Nguyễn Minh Khải là người chịu trách nhiệm chính, trách nhiệm cao nhất về việc tổ chức, thực hiện các gói thầu và phải đảm bảo các gói thầu được thực hiện đúng quy định của Luật Đấu thầu. Là chủ đầu tư, bị cáo có trách nhiệm đảm bảo hoạt động đấu thầu “hiệu quả-cạnh tranh-công bằng-minh bạch” nhưng lại có hành vi định hướng, can thiệp vào hoạt động đấu thầu trái pháp luật như định hướng về cấu hình, số lượng, giá sản phẩm của gói thầu tại cuộc họp ngày 19/01/2018; định hướng cho bên mời thầu, tổ chuyên gia, tổ thẩm định loại nhà thầu Codupha, cho nhà thầu Tâm Hợp và Hào Tín trúng thầu tại các cuộc họp và thông qua các tổ trưởng.
 
Bị cáo can thiệp trực tiếp, trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu qua việc phê duyệt hồ sơ mời thầu có tiêu chí số 7 là “Ý kiến đánh giá của Hội đồng đánh giá hàng mẫu” nhưng không đưa ra các tiêu chí cụ thể, rõ ràng để làm cơ sở pháp lý cho Hội đồng chuyên môn đánh giá trong phần đánh giá kỹ thuật.
 
Tại phiên tòa, trong phần trả lời Hội đồng xét xử và đại diện Viện Kiểm sát, bị cáo cũng nhiều lần thừa nhận việc này là sai và việc sai này là nguyên nhân chính để nhà thầu Codupha bị loại trong khi đáp ứng đầy đủ các tiêu chí kỹ thuật và có giá dự thầu thấp nhất.  

Theo đại diện Viện Kiểm sát, bị cáo Nguyễn Minh Khải là một bác sĩ có nhiều đóng góp cho Bệnh viện Mắt, có nhiều thành tích xuất sắc trong công tác nhưng hành vi của bị cáo đã kéo các bị cáo khác là cán bộ cấp dưới, là các bác sĩ có trình độ chuyên môn giỏi phải đứng trước tòa, là tổn thất lớn cho ngành y tế. Viện Kiểm sát cũng ghi nhận, trong buổi xét xử sáng 30/11, bị cáo đã nhận thức đầy đủ, rõ ràng hành vi phạm tội, nhận rõ trách nhiệm của mình và thể hiện bằng thái độ xin Hội đồng xét xử cho khắc phục hậu quả tại tòa số tiền 1 tỷ đồng do hành vi phạm tội của bị cáo gây ra. 

Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Nguyễn Minh Khải từ 8-9 năm tù. Với các bị cáo còn lại, Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt Võ Thị Chinh Nga (Phó Giám đốc), Phí Duy Tiến (nguyên Phó Giám đốc), Nguyễn Quốc Toản (nguyên Trưởng khoa Phẫu thuật gây mê hồi sức) cùng từ 3-4 năm tù; Phan Thị Bích Hạnh (Trưởng phòng Tài chính-Kế toán) 24-30 tháng tù; Nguyễn Đỗ Nguyên (Trưởng khoa Tổng hợp), Lương Ngọc Tuấn (Phó Trưởng khoa Khám mắt) cùng từ 15-18 tháng tù; Nguyễn Trí Dũng (Phó Giám đốc) 12 tháng 8 ngày tù.

Về trách nhiệm dân sự, Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên buộc bị cáo Nguyễn Minh Khải có trách nhiệm bồi thường tương ứng tỷ lệ 50% trên tổng thiệt hại; buộc bị cáo Nguyễn Quốc Toản có trách nhiệm bồi thường tương ứng tỷ lệ 10% trên tổng thiệt hại. Với 6 bị cáo gồm Phí Duy Tiến, Võ Thị Chinh Nga, Phan Thị Bích Hạnh, Lương Ngọc Tuấn, Nguyễn Đỗ Nguyên, Nguyễn Trí Dũng, mỗi bị cáo có trách nhiệm bồi thường 6,67% trên tổng số thiệt hại còn lại.

Tiếp đó, phiên tòa bước sang phần tranh tụng; dự kiến kết thúc vào ngày 2/12.