Khi Cao tốc Nội Bài – Lào Cai đưa vào khai thác, từ tháng 9/2014 - 11/2015 áp dụng hình thức thu phí kín thủ công qua trạm thu phí. Xe vào phát thẻ giấy, ra trạm nào trên tuyến, nhân viên thu phí căn cứ quãng đường tính tiền trên máy.

Từ tháng 11/2015 đến nay, áp dụng thẻ điện tử định danh phương tiện (RFID) để thu tiền tại trạm ra cho phương tiện.

Theo thống kê, từ tháng 1/2015 - 8/2015, tổng số lượng thẻ định danh phát ra là 3.451.787 thẻ tại 11 trạm thu phí trên toàn tuyến, số lượng thẻ định danh không thu hồi được là 137.221 thẻ, chiếm 3,97%.

Nguyên nhân của sự việc trên là do trong quá trình thi công, trên tuyến cao tốc có 238 điểm mở để các nhà thầu đấu nối với đường địa phương vận chuyển vật liệu, máy móc, nhân công. Khi tuyến đường đưa vào khai thác thì vẫn chưa đóng các điểm mở này. Mặc dù VEC đã yêu cầu các nhà thầu kiểm soát điểm mở, tuy nhiên do gấp rút về tiến độ, khối lượng thi công không lớn, dàn trải, nên khó có thể kiểm soát được phương tiện, nhất là vào ban đêm.

Thêm vào đó, tại thời điểm trên, nhiều vị trí đường gom phát sinh theo yêu cầu bổ sung của địa phương chưa được hoàn thiện, dẫn đến tình trạng người dân phá hàng rào tạo thành nhiều điểm mở khác. Thực tế này dẫn tới việc các trạm thu phí không thu hồi được thẻ định danh đầu vào, do phương tiện không đi qua trạm thu phí để trốn phí.

Ngoài ra, giai đoạn này, hệ thống thu phí của tuyến cao tốc Nội Bài - Lào Cai đang trong quá trình hoàn thiện, công tác thu phí vẫn thực hiện thủ công; số lượng trạm nhiều nên số lượng vé in sẵn lớn (hơn 50 loại vé giấy/cabin), việc giao vé điện tử và thẻ điện tử ra các làn thu phí chưa thực hiện được đúng như quy trình, do đó khi phương tiện qua trạm quét thẻ mệnh giá để hệ thống lưu thông tin, không đọc được mã thẻ, series thẻ giấy… cũng là nguyên nhân gây mất thẻ thu phí.

Trước thực trạng này, VEC đã nghiêm túc kiểm điểm, xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân liên quan tại Công ty Quản lý khai thác đường cao tốc Nội Bài – Lào Cai (VEC O&M) vì thiếu quyết liệt, chưa làm hết trách nhiệm, không phát hiện kịp thời và tham mưu cho lãnh đạo các biện pháp ngăn chặn tình trạng mất thẻ đầu vào Luân chuyển công tác Giám đốc, Phó giám đốc Trung tâm điều hành đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai vì thiếu trách nhiệm. Khiển trách, điều chuyển công tác đối các đội trưởng, đội phó các đội thu phí, đội trưởng đội giám sát thu phí, đội vận hành thiếu tinh thần trách nhiệm trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, không kịp thời phát hiện và ngăn chặn các điểm mở phát sinh, để tình trạng xe trốn phí kéo dài.

Đối với cán bộ, công nhân viên trực tiếp thực hiện vận hành khai thác, tổ chức thu phí, VEC O&M đã khiển trách 25 nhân viên, trưởng, phó ca, giám sát viên thiếu trách nhiệm trong thực hiện nhiệm vụ và phê bình 79 nhân viên thiếu ý thức vận hành thu phí.

VEC thông tin thêm, từ tháng 11/2015 đến nay, khi áp dụng công nghệ thu phí sử dụng thẻ RFID, các trạm thu phí trên toàn tuyến đã kiểm soát tất cả các phương tiện ra vào theo ca, ngày, việc đối chiếu thông tin các phương tiện được thực hiện chính xác, số lượng thẻ thu phí không thu hồi được đã giảm thiểu qua từng tháng.