Tại buổi thảo luận ở Quốc hội mới đây, Tổng Kiểm toán Nhà nước (KTNN) Hồ Đức Phớc nói rằng việc cơ quan thuế để sót, lọt nguồn thu là hết sức lớn. Ông Hồ Đức Phớc dẫn ví dụ đối chiếu các doanh nghiệp ngoài quốc doanh 2 năm vừa qua, thì thất thu thuế 94%.

Về thông tin này, ông Phạm Ngọc Lai đã có những phản hồi. "Tổng cục Thuế không bình luận về số liệu của Tổng KTNN Hồ Đức Phớc phát biểu, bởi đó là số liệu của cơ quan kiểm toán đưa ra và ngành thuế chưa nắm được việc này. Ngành thuế luôn phối hợp chặt chẽ với KTNN, Thanh tra Chính phủ. Cụ thể: khi KTNN tiến hành kiểm toán ngân sách tại 1 địa phương, sẽ có 1 tổ kiểm toán tại cơ quan thuế. Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế đều đã có các văn bản chỉ đạo cục thuế các địa phương phối hợp chặt chẽ, cung cấp hồ sơ cho cơ quan kiểm toán", ông Phạm Ngọc Lai nói.

Theo Tông cục Thuế, sau khi kết thúc, cơ quan kiểm toán sẽ lập biên bản kiểm soát, đối chiếu, từ đó ra số chênh lệch về thuế, những sai phạm về thuế của các doanh nghiệp. Có thể thời điểm KTNN vào kiểm toán thì doanh nghiệp chưa kê khai thuế, nhưng sau đó doanh nghiệp đã kê khai bổ sung vì Luật Quản lý thuế hiện hành cho phép khai bổ sung. Tuy nhiên, lúc này cơ quan kiểm toán đã xếp doanh nghiệp đó vào diện sai phạm.

Quyền vụ trưởng Vụ Thanh tra cũng nhấn mạnh theo kế hoạch thanh tra hằng năm của Tổng cục Thuế, số vụ việc phát hiện có vi phạm cũng rất lớn, tỷ lệ lên tới 95 - 97%. Cụ thể: Trong năm 2016, cơ quan thuế đã kiến nghị thu hơn 17.000 tỷ đồng sau thanh tra, kiểm tra. Năm 2017, con số này là 19.000 tỷ đồng, ngoài ra còn giảm lỗ khoảng 37.000 tỷ đồng và kiến nghị xử lý khác trên 50.000 tỷ đồng. 

Ông Phạm Ngọc Lai cũng thông tin, theo kế hoạch thanh tra hàng năm của Tổng cục Thuế, số vụ việc phát hiện có vi phạm cũng rất lớn, tỷ lệ trên 90%. Hiện cơ quan thuế áp dụng cơ chế quản lý rủi ro, nên hàng năm phân tích rủi ro để chọn các doanh nghiệp thanh tra, tỷ lệ phát hiện vi phạm cũng rất nhiều. 

“Có doanh nghiệp chỉ sai phạm 500.000 đồng hoặc 1.000.000 đồng cũng được liệt kê là sai phạm. Cho nên con số tỉ lệ sai phạm lớn cũng cần xem xét trên nhiều bình diện. Những hành vi sai nhỏ đều tính đánh đồng để nói về tỉ lệ tương đối thì rất khó. Có những doanh nghiệp sai phạm rất nhỏ, nhưng có những doanh nghiệp khi chúng tôi vào truy thu đến 1.850 tỷ đồng", ông Phạm Ngọc Lai nói.

Vấn đề cũng nhận được nhiều quan tâm của một số đại biểu Quốc hội là tình trạng khiếu kiện sau thanh tra, kiểm tra. Trả lời vấn đề này, ông Thành Xuân Lý, Phó Vụ trưởng Vụ Pháp chế (Tổng cục Thuế) cho rằng: Tình trạng khiếu nại khiếu kiện là vấn đề bình thường. Trong giai đoạn từ 2013 - 2017 đã có 250 vụ kiện hành chính về thuế. Trong đó, số vụ kiện phát sinh từ kiến nghị kết luận của Thanh tra Chính phủ (TTCP) là 1 vụ và từ kết luận của KTNN là 11 vụ, xảy ra ở các địa phương như Thành phố Hồ Chí Minh (TP.HCM), Bà Rịa - Vũng Tàu, Thừa Thiên - Huế, Đắk Lắk...

Có vụ việc tại TP.HCM, người nộp thuế đã khai thuế và nộp tiền cho cơ quan chức năng. Tuy nhiên, KTNN đã tiến hành kiểm toán và kiến nghị người nộp thuế nộp bổ sung 60 tỷ đồng. Người nộp thuế không đồng ý với kiến nghị trên và đã kiện, vụ việc này xảy ra từ năm 2013 và hiện vẫn chưa xử lý xong. KTNN đã đóng góp nhiều giúp tăng thu ngân sách nhưng do cách hiểu, quan điểm xử lý có thể khác nhau dẫn đến sự phối hợp chưa đồng nhất.

Vì vậy theo ông Thành Xuân Lý, có sự tồn tại như thế nên dự thảo muốn sửa đổi. "Chúng ta là người ra quyết định phải có cơ sở pháp lý nhằm đảm bảo quản lý được người nộp thuế, đảm bảo sự thi hành pháp luật của thuế chính xác, tránh khiếu kiện kéo dài. Bởi ngoài việc thất thu, phát sinh trách nhiệm bồi thường thì chúng tôi cũng muốn rõ ràng”, ông Thành Xuân Lý nói.