Trong nhiều căn cứ để điều chỉnh mức học phí, Hội đồng Trường Đại học Y Hà Nội có căn cứ Nghị định 81/2021/NĐ-CP ngày 27/8/2021 của Chính phủ quy định về cơ chế thu, quản lý học phí với cơ sở giáo dục thuộc hệ thống giáo dục quốc dân và chính sách miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập, giá dịch vụ trong lĩnh vực giáo dục, đào tạo. 

Trước đó, Trường Đại học Y Hà Nội chưa thực hiện cơ chế tự chủ vì vậy học phí năm học 2021-2022. Học phí với sinh viên chính quy vẫn theo quy định tại Nghị định 86/2015/NĐ-CP về cơ chế thu, quản lý học phí với cơ sở giáo dục thuộc hệ thống giáo dục quốc dân, khoảng 14,3 triệu đồng/năm. Khi thực hiện tự chủ Trường Đại học Y Hà Nội sẽ thay đổi mức học phí.

Chi tiết mức thu học phí mới năm học 2022-2023 như sau: