Kết luận của Thanh tra Chính phủ nêu rõ, quá trình tổ chức triển khai dự án, UBND thành phố Cần Thơ, Sở Y tế Cần Thơ, Liên danh nhà thầu và các đơn vị tư vấn đã có nhiều khuyết điểm, vi phạm. Những sai phạm này đã khiến dự án trọng điểm sử dụng vốn vay ODA Hungary bị chậm tiến độ, đình trệ kéo dài, tiềm ẩn nguy cơ gây thất thoát, lãng phí lớn nguồn vốn vay và ngân sách địa phương.

Dự án Bệnh viện Ung bướu Cần Thơ được Chủ tịch UBND thành phố Cần Thơ phê duyệt vào tháng 1/2017 với tổng mức đầu tư hơn 1.727,9 tỷ đồng, trong đó vốn vay ODA của Hungary là hơn 56,9 triệu Euro (tương đương hơn 1.393 tỷ đồng). Tuy nhiên, Dự án đã phải dừng thực hiện từ tháng 7/2022 do Hiệp định vay vốn hết hiệu lực vào ngày 11/7/2022 và không được gia hạn.

Tại thời điểm dừng thực hiện, giá trị khối lượng của gói thầu EPC mới chỉ đạt 21,3% tổng giá trị hợp đồng (khoảng 297,6/1.393 tỷ đồng). Đáng chú ý, dù phần xây dựng đã hoàn thành khoảng 82%, phần cung cấp, lắp đặt thiết bị xây dựng chỉ đạt 15,3% và đặc biệt là phần công việc cung cấp, lắp đặt trang thiết bị y tế chuyên dùng và không chuyên dùng (phần cốt lõi của bệnh viện) vẫn là 100% chưa thực hiện.

Thanh tra Chính phủ chỉ rõ, nếu Dự án phải chuyển sang sử dụng vốn trong nước, tổng mức đầu tư dự kiến sẽ phát sinh tăng khoảng 212 tỷ đồng do chênh lệch tỷ giá đồng Euro tại thời điểm tháng 3/2025 so với thời điểm phê duyệt dự án năm 2017.

Ngoài ra, vi phạm còn làm phát sinh tăng khoảng 11,686 tỷ đồng chi phí lưu kho cho 71 container hàng hóa nhập khẩu, nguyên nhân do UBND thành phố Cần Thơ chậm phê duyệt chi phí thông quan hàng hóa (chậm 5 tháng). Một khối lượng phát sinh ngoài Hợp đồng EPC trị giá khoảng 17 tỷ đồng đã được nhà thầu thi công khi chưa đáp ứng yêu cầu về trình tự, thủ tục. Tính đến thời điểm thanh tra, các thành viên liên danh nhà thầu còn nợ tạm ứng (dư ứng) với tổng số tiền 3.861.726 EUR (tương đương 97,5 tỷ đồng) chưa được thu hồi.

Kết luận thanh tra đã chỉ ra vướng mắc cốt lõi và kéo dài nhất của Dự án xuất phát từ Hiệp định khung và Hiệp định vay vốn. Hiệp định khung ký ngày 12/01/2016 có điều khoản ràng buộc "ít nhất 50% hàng hóa được xuất khẩu bởi các Công ty đăng ký tại Hungary, đủ tiêu chuẩn xuất xứ Hungary".

Chính điều khoản này đã khiến Hiệp định vay lần 1 (ký ngày 25/9/2017) không thể có hiệu lực, do Ngân hàng Eximbank Hungary xác nhận Hợp đồng thương mại không đáp ứng tỷ lệ 50%, mà chỉ đạt 25 - 30% hàng hóa xuất xứ Hungary. Thanh tra Chính phủ cũng ghi nhận sự không nhất quán trong quan điểm về tỷ lệ xuất xứ từ chính nội bộ phía Hungary, gây chậm trễ cho dự án.

Mặc dù Hiệp định vay lần 2 (ký ngày 07/9/2018) có hiệu lực từ 11/01/2019, nhưng vấn đề tỷ lệ xuất xứ vẫn không được giải quyết. Liên danh nhà thầu, trong quá trình thực hiện, đã không đáp ứng được điều kiện ràng buộc 50%. Thậm chí, đến tháng 6/2025, Liên danh nhà thầu tiếp tục đề nghị điều chỉnh xuất xứ thiết bị y tế chuyên dùng, trong đó chỉ có 1/123 danh mục thiết bị (đạt 0,78%) có xuất xứ Hungary.

Thanh tra Chính phủ xác định trách nhiệm chính thuộc Liên danh nhà thầu trong việc thông báo cho phía Hungary rằng có thể đáp ứng 50% hàng hóa xuất xứ nhưng thực tế không thực hiện được. Đồng thời, Sở Y tế Cần Thơ cũng chịu trách nhiệm trong việc Tuyên bố mua hàng hóa, dịch vụ với tỷ lệ xuất xứ Hungary đạt 50,07%.

Bên cạnh các vướng mắc từ phía nhà tài trợ và nhà thầu, Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra nhiều vi phạm trong công tác quản lý nhà nước của UBND thành phố Cần Thơ.

Trước hết, UBND thành phố Cần Thơ đã phê duyệt Dự án (Quyết định số 223/QĐ-UBND ngày 25/01/2017) nhưng không căn cứ vào ý kiến của Bộ Y tế, dù Thủ tướng Chính phủ đã có chỉ đạo tại Thông báo số 168/TB-VPCP.

UBND thành phố phê duyệt Dự án (là dự án nhóm A) với thiết kế hai bước là chưa phù hợp với quy định (yêu cầu thiết kế ba bước đối với công trình quy mô lớn, phức tạp).

Ngoài ra, việc phê duyệt Dự án vào ngày 25/01/2017 trước khi có phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) vào ngày 03/05/2017 là không đúng quy định tại khoản 2 Điều 19 Luật Bảo vệ môi trường năm 2014.

Thanh tra Chính phủ cũng nhận định UBND thành phố Cần Thơ "chưa chủ động, lúng túng" trong việc xác định chủ đầu tư, khi liên tục thay đổi chủ đầu tư Dự án (từ Sở Y tế năm 2009, sang Ban Quản lý Dự án đầu tư xây dựng thành phố năm 2011, rồi UBND thành phố Cần Thơ trực tiếp làm chủ đầu tư năm 2012 và cuối cùng giao lại cho Sở Y tế năm 2015 ). Việc này đã ảnh hưởng đến tiến độ, chất lượng quản lý Dự án.

Với vai trò là chủ đầu tư, Sở Y tế Cần Thơ cũng bị kết luận có nhiều khuyết điểm, vi phạm trong công tác lựa chọn nhà thầu và ký kết hợp đồng.

Trong công tác lựa chọn nhà thầu gói thầu EPC (hình thức chỉ định thầu), Kế hoạch lựa chọn nhà thầu được UBND thành phố phê duyệt không nêu rõ phương thức lựa chọn nhà thầu. Hồ sơ yêu cầu do Sở Y tế phê duyệt đã sử dụng phương pháp chấm điểm để đánh giá về kỹ thuật, điều này không đúng quy định (phải dùng tiêu chí đạt/không đạt).

Việc sử dụng sai phương pháp đánh giá đã dẫn đến hậu quả: Nhà thầu không đáp ứng yêu cầu "ít nhất 50% hàng hóa đủ tiêu chuẩn xuất xứ Hungary" nhưng vẫn được đánh giá là "Đạt". Theo bảng tổng hợp của Sở Y tế Cần Thơ, trong 123 danh mục trang thiết bị y tế chuyên dùng, chỉ có 2 danh mục có xuất xứ Hungary (đạt tỷ lệ 0,05%), nhưng Tổ chuyên gia vẫn đánh giá "Đạt".

Khi ký kết hợp đồng, Sở Y tế Cần Thơ và Liên danh nhà thầu đã không làm rõ xuất xứ trang thiết bị, dẫn đến danh mục kèm theo hợp đồng không có mã hiệu, hãng sản xuất. Hợp đồng có điều khoản (Điều 6) "thiếu chặt chẽ" , cho phép nhà thầu đề xuất thiết bị "có cùng chất lượng và thông số kỹ thuật" nếu không cung cấp được thiết bị theo yêu cầu, dẫn đến việc nhà thầu nhiều lần đề xuất thay đổi xuất xứ nhưng không có chế tài xử lý. Đến tháng 4/2021, Liên danh nhà thầu và Sở Y tế Cần Thơ vẫn không thống nhất được vấn đề xuất xứ hàng hóa.

Từ những kết quả thanh tra trên, Tổng Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo tổ chức kiểm điểm trách nhiệm đối với lãnh đạo UBND thành phố Cần Thơ có liên quan đến các tồn tại, khuyết điểm.

Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND thành phố Cần Thơ và các bộ, ngành khẩn trương thực hiện kết luận tại Thông báo số 371/TB-VPCP, chuyển sang thực hiện đầu tư bằng nguồn vốn trong nước để đưa bệnh viện vào vận hành trong năm 2026. Bộ Tài chính và UBND thành phố Cần Thơ được giao cân đối, bố trí ngân sách để thực hiện việc này.

Tổng Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Chủ tịch UBND thành phố Cần Thơ tổ chức kiểm điểm, xử lý theo quy định pháp luật đối với Giám đốc Sở Y tế Cần Thơ và các đơn vị, cá nhân liên quan.

UBND thành phố Cần Thơ phải rà soát, phê duyệt bổ sung các chi phí còn thiếu, bao gồm khối lượng phát sinh khoảng 17 tỷ đồng và chi phí lưu kho khoảng 11,686 tỷ đồng.

Đặc biệt, Thanh tra Chính phủ yêu cầu UBND thành phố Cần Thơ tập trung xử lý dứt điểm các khó khăn, vướng mắc liên quan đến Hợp đồng EPC, trao đổi với Liên danh nhà thầu để tránh phát sinh tranh chấp, khiếu kiện quốc tế. Trong trường hợp quyết định tiếp tục thực hiện hợp đồng, Sở Y tế Cần Thơ phải thu hồi ngay số tiền đã tạm ứng cho Liên danh nhà thầu là 3.861.726 Euro trong quá trình thanh, quyết toán, đồng thời rà soát danh mục trang thiết bị y tế mới, trình Bộ Y tế thẩm định lại.