Chế độ trong nhà tù khắc nghiệt đến mức hầu hết mọi tù nhân đều muốn trốn tù. Cai ngục đầu tiên là ông James Johnston, người đã áp đặt kỷ luật tuyệt đối nghiêm ngặt và rất cứng nhắc cho tù nhân Alcatraz. Trong vài năm đầu nhà tù đi vào hoạt động, tù nhân không được nói chuyện với nhau trừ những lúc đặc biệt. Họ phải ăn uống trong im lặng. Ai nói to sẽ bị phạt ở trong hầm tối hoặc ở khu D, tức là khu dành cho tù nhân phạm kỷ luật.

Luật lệ này khiến cho sự im lặng trở thành một mặt trong cuộc sống của tù nhân Alcatraz, làm họ như hóa điên. Cuối cùng, do không chịu dựng được sự im lặng, các tù nhân đồng loạt nói để thách thức cai ngục vì họ nhận thấy nhà tù không có đủ phòng biệt giam để phạt tất cả. Cuối cùng, lệnh cấm nói chuyện đã được nới lỏng.


Tù nhân không được tiếp cận tin tức về thế giới bên ngoài và không được đọc các loại sách về tình dục và tội ác. Dao cạo, dao, đồ bằng bạc không được xuất hiện trên đảo.

Tại thời điểm nhà tù còn hoạt động, nhiều người đã phản đối cách đối xử vô nhân đạo với tù nhân ở Alcatraz. Sau đó, nhà tù đã phải cải cách dần dần, bỏ một số biện pháp trừng phạt tàn bạo nhất.


Mọi tù nhân ở Alcatraz đều được đối xử như nhau, cho dù họ có nổi tiếng cỡ nào. Trùm tội phạm Al Capone từng được đối xử dễ dãi ở nhà tù trước đó và đã lập hẳn một đế chế tội phạm sau chấn song. Nhưng khi hắn bị đưa đến Alcatraz, mọi thứ khác hẳn với kỳ vọng của hắn. Hắn không được “trọng đãi” và không khác các tù nhân khác.

Dù an ninh nghiêm ngặt nhưng không phải mọi chuyện lúc nào cũng êm thấm ở Alcatraz. Hòn đảo này đã chứng kiến một số tù nhân âm mưu vượt ngục. Tù nhân Joseph Bowers bị bắn chết khi trèo rào năm 1936. Hai tù nhân tìm cách trốn tù năm 1937 nhưng bị chết đuối. Năm sau, 3 tù nhân đã tấn công và giết một cai ngục để trốn thoát. Một tên bị giết chết, một tên bị thương và tên còn lại đầu hàng.


Âm mưu vượt ngục năm 1939 trên đảo Alcatraz đã trở thành cảm hứng cho bộ phim “Murder in the First”, trong đó diễn viên Kevin Bacon thủ vai tù nhân Henri Young. Trong thực tế, Young tìm cách trốn tù cùng 3 người khác. Họ bị bắt trên bờ biển, trong đó 1 người bị bắn chết, một người bị thương, còn Young và tù nhân Rufus McCain gần như bị tê cứng khi ở dưới nước biển lạnh. Một năm sau, Young đâm chết Mccain trong xưởng làm việc ở nhà tù. Vụ xét xử Young khiến dư luận chú ý tới điều kiện khủng khiếp trong các phòng biệt giam ở Alcatraz - nơi Young bị nhốt trong một thời gian dài. Chính vì phải ở trong điều kiện như vậy nên bản án của Young được giảm nhẹ.

Tuy nhiên, vụ vượt ngục năm 1962 mới là vụ nổi tiếng nhất. Anh em nhà Clarence và John Anglin cùng Frank Morris đã mất hàng tháng trời tính toán kế hoạch vượt ngục. Chúng dùng thìa cạo từng lớp bê tông mủn quanh tấm lưới bịt lỗ thông gió trên nóc phòng giam. Chúng dùng bìa các tông vẽ một miếng lưới giống y hệt để che giấu công việc đang làm. Khi cái lỗ đủ rộng, chúng có thể di chuyển vào khu vực bảo trì của nhà giam, nơi có chứa nhiều ống và cáp điện. Tại đó, chúng tự làm áo phao cứu sinh và làm một cái bè bằng áo mưa mà chúng tích được.

Hàng đêm, sở dĩ chúng có thể lẻn qua ống thông hơi để chuẩn bị vượt ngục mà cai ngục không ai hay vì chúng dùng giấy bồi làm thành một cái đầu giả đặt lên trên gối đánh lừa cai ngục. Cuối cùng, khi mọi việc đã xong, bộ ba tù nhân trèo lên nóc nhà tù qua ống thông hơi, nhảy qua hàng rào và thoát ra vịnh San Francisco. Về sau, người ta tìm thấy một số vật dụng cá nhân của một tên trôi dạt trong một cái túi nhựa và các cai ngục cho rằng chúng đã bị chết đuối. Không ai nghe tin tức hay nhìn thấy 3 tên tù nhân này nữa mặc dù người ta đồn chúng đã vượt ngục thành công tới đảo Angel gần đó và được một con thuyền đợi sẵn đón.

Sau này, chương trình truyền hình MythBusters đã thử thực hiện kế hoạch vượt ngục của anh em Anglin và Morris và họ đã vào bờ thành công. Dù thí nghiệm này không chứng minh rằng vụ vượt ngục năm 1962 thành công nhưng nó chỉ ra một điều rằng về mặt kỹ thuật, vẫn có thể thoát khỏi Alcatraz.

Không chỉ phải đối phó với một số vụ vượt ngục, Alcatraz còn phải xử lý các vụ bạo loạn, biểu tình của tù nhân. Những năm 1950, các tù nhân da trắng phân biệt chủng tộc đã nổi loạn vì xuất hiện tù nhân da màu trong khu phòng giam của họ. Vụ bạo loạn đẫm máu nhất trong lịch sử Alcatraz xảy ra năm 1946. Khi đó, một nhóm 6 tù nhân đã khống chế một cai ngục và tìm cách kiểm soát toàn bộ nhà tù. Một số cai ngục bị khóa trái cửa và bị bắn. Cai ngục từ nhà tù San Quentin gần đó cùng binh sĩ đã phải dùng vũ lực chiếm lại Alcatraz. Hai cai ngục thiệt mạng, 3 tù nhân khơi vụ bạo động cũng chết. Hai tên còn lại bị hành quyết trong phòng khí độc ở San Quentin

Về sau, nhà tù Alcatraz bị đóng cửa vì nhiều lý do. Thứ nhất, mọi thứ trên đảo đều phải chuyển từ đất liền vào, từng bữa ăn, từng quyển tạp chí hay từng bao thuốc lá. Điều này khiến cho chi phí hoạt động Alcatraz tốn kém hơn các nhà tù trong đất liền. Ngoài ra, các tòa nhà bằng bê tông cũ kỹ ngày càng xuống cấp do tiếp xúc liên tục với nước muối, khiến chính quyền tốn hàng triệu USD để sửa chữa. Sau vụ vượt ngục năm 1962, người ta tự hỏi hoạt động nhà tù này để làm gì khi thực sự vẫn có tù nhân có thể thoát khỏi Alcatraz. Năm 1963, nhà tù bị đóng cửa vĩnh viễn.

Năm 1973, đảo Alcatraz trở thành một phần trong khu vực giải trí quốc gia Cầu Cổng vàng. Nhà tù Alcatraz ngày nay vẫn đứng đó, đón hàng triệu du khách lên khám phá một phần lịch sử của nước Mỹ.