Trong định hướng phát triển, trường tập trung vào 5 lĩnh vực ưu tiên: Ứng dụng công nghệ cao trong Nông nghiệp - Thủy sản - Môi trường; Quản lý và sử dụng bên vững Tài nguyên thiên nhiên; Công nghệ và Công nghệ thông tin; Khoa học Giáo dục, Luật, Xã hội nhân văn; Kinh tế Thị trường.

Theo Giáo sư, Tiến sỹ Hà Thanh Toàn, định hướng phát triển giai đoạn 2020-2025, sẽ xây dựng Trường Đại học Cần Thơ theo mô hình đại học quốc gia. Cụ thể, Trường sẽ tự chủ về tài chính, có 4 trường đại học trực thuộc gồm: Nông nghiệp - Đại học Cần Thơ, Kỹ thuật - Công nghệ - Đại học Cần Thơ, Kinh tế - Đại học Cần Thơ và Công nghệ thông tin và Truyền thông - Đại học Cần Thơ; đồng thời có 2 phân hiệu Đại học ở Hòa An (tỉnh Hậu Giang) và tỉnh Sóc Trăng.    
 
Tại phiên họp, các thành viên thống nhất định hướng phát triển của trường, góp phần đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho khu vực đồng bằng sông Cửu Long. Ông Trần Việt Trường, Chủ tịch UBND thành phố cho biết các dự án, chương trình, lĩnh vực của Trường định hướng phát triển, phù hợp xu thế phát triển của thành phố Cần Thơ và một số tỉnh.

Chủ tịch UBND thành phố cho biết: Thành phố sẵn sàng hợp tác, tạo mọi điều kiện để trường phát triển, đồng thời đề nghị nhà trường tham mưu Chính phủ về chủ trương, cơ chế hoạt động. Bên cạnh đó, tăng cường liên kết với doanh nghiệp trong đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ để cùng nhau phát triển.