Thời gian gần đây, việc các tàu lớn neo đậu trên khu vực sông Đáy giáp ranh giữa 2 tỉnh Ninh Bình - Nam Định (xã Khánh Phú, huyện Yên Khánh) thường xuyên xả thải đã đe dọa đến nguồn đầu vào của Nhà máy nước sạch Thành Nam đóng trên địa bàn, nơi cấp nước sinh hoạt cho 12.000 hộ dân của thành phố Ninh Bình và huyện Yên Khánh.