Theo Cục Thuế, Thông tư 31 được xây dựng khung quản lý rủi ro xoay quanh 3 nội dung chính: Thu thập, xử lý thông tin; đánh giá tuân thủ và phân loại mức độ rủi ro; áp dụng biện pháp quản lý thuế phù hợp với từng mức rủi ro. 

Các quy định về tuân thủ của Thông tư 31 chủ yếu phục vụ cho việc phân loại rủi ro và lựa chọn đối tượng kiểm tra, thanh tra, hoàn thuế, quản lý đăng ký thuế, quản lý nợ thuế, quản lý hóa đơn. 

Tuy nhiên lần này, Thông tư số 94 được Bộ Tài chính ban hành có hiệu lực đầu tháng 7/2026, nhằm thay thế Thông tư số 31 lại kế thừa cách tiếp cận quản lý rủi ro nhưng bổ sung, nâng cấp thành mô hình quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro thống nhất, với các điểm nổi bật như: Xây dựng cơ chế quản lý tuân thủ riêng, có tiêu chí đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ và các biện pháp nâng cao tuân thủ cho từng nhóm người nộp thuế. 

"Coi kết quả phân loại tuân thủ là yếu tố đầu vào không thể thiếu cho việc phân loại mức độ rủi ro trong từng nghiệp vụ quản lý thuế, giúp cơ quan Thuế vừa khuyến khích nâng cao tuân thủ, vừa phòng ngừa và xử lý rủi ro; quy định rõ việc gắn kết quản lý tuân thủ với lập kế hoạch kiểm tra, giám sát trọng điểm, quản lý nợ, hoàn thuế, miễn giảm, hóa đơn điện tử, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý thuế và giảm chi phí tuân thủ cho người nộp thuế", đại diện Cục Thuế cho hay.

Nói cách khác, Thông tư số 94 chuyển trọng tâm từ “chỉ quản lý rủi ro” sang “quản lý hành vi tuân thủ, đồng thời quản lý rủi ro”.

Theo đó, việc quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro phải bảo đảm khách quan, minh bạch, không phân biệt đối xử giữa các người nộp thuế. Việc phân tích dữ liệu phải được thực hiện trên cơ sở dữ liệu khách quan, toàn diện, thường xuyên cập nhật; ưu tiên ứng dụng công nghệ dữ liệu lớn, học máy, trí tuệ nhân tạo để tự động hóa khâu thu thập, xử lý, phân tích, đánh giá và phân loại. 

Điểm mới về phân loại tuân thủ và cơ chế nâng cao tuân thủ cũng được Cục Thuế nêu, đó là Thông tư số 31 phân loại mức độ tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế theo 4 mức: Tuân thủ cao, tuân thủ trung bình, tuân thủ thấp và không tuân thủ; đồng thời quy định việc áp dụng các biện pháp quản lý tương ứng, đặc biệt đối với trường hợp không tuân thủ.

Còn Thông tư số 94/2026/TT-BTC vẫn giữ cơ cấu 4 mức độ tuân thủ nhưng điều chỉnh thuật ngữ và nhấn mạnh vai trò nâng cao tuân thủ: Mức 1 là tuân thủ tốt; mức 2: Tuân thủ trung bình; mức 3: tuân thủ thấp; mức 4: không tuân thủ. Thông tư này coi việc phân loại tuân thủ không chỉ là cơ sở để phân loại rủi ro mà còn là căn cứ để xem xét, lựa chọn, khen thưởng và ưu tiên trong quản lý thuế đối với người nộp thuế tuân thủ tốt, theo quy định tại Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. 

“Thông tư số 94/2026/TT-BTC coi nâng cao tuân thủ là một nhiệm vụ xuyên suốt, gắn với quản lý rủi ro, chứ không chỉ dừng ở việc ‘phát hiện và xử lý vi phạm”, đại diện Cục Thuế cho biết.

Đối với hoàn thuế, khoản thu khác, Thông tư 94 quy định riêng hoàn thuế giá trị gia tăng và hoàn các khoản thu khác; bổ sung việc đánh giá phân loại mức độ rủi ro đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kế thừa kết quả phân loại và kết quả kiểm tra hoàn thuế của kỳ trước liền kề; cơ chế tạm dừng số tiền hoàn có dấu hiệu rủi ro; bổ sung các trường hợp thay đổi hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế. 

Về miễn, giảm thuế, Thông tư 94 bổ sung quy định riêng về quản lý rủi ro trong xử lý hồ sơ miễn, giảm, trong đó hồ sơ rủi ro cao phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi ban hành quyết định; hồ sơ rủi ro trung bình, thấp được giải quyết theo trình tự, đồng thời theo dõi, kiểm tra khi có dấu hiệu phát sinh rủi ro. 

Trong bối cảnh áp dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, Thông tư số 94 quy định việc phân loại rủi ro trong sử dụng hóa đơn điện tử; trường hợp rủi ro cao có thể không được chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, ngừng sử dụng hóa đơn hoặc thực hiện các biện pháp quản lý hóa đơn khác theo quy định; trường hợp rủi ro trung bình, thấp được lựa chọn mẫu để rà soát, tăng cường hỗ trợ người nộp thuế tuân thủ. 

Những quy định này giúp hoạt động quản lý rủi ro trở nên cụ thể, đáp ứng yêu cầu thực tiễn của từng nghiệp vụ; đồng thời tận dụng được kết quả phân tích trên Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế.