Ngày 6/2/2015, Ủy ban An toàn Hàng không Đài Loan (Trung Quốc), cho biết, cả hai động cơ của máy bay ATR 72-600 đều gặp trục trặc trước khi bị rơi. Trước đó, theo dữ liệu của Trung tâm kiểm soát không lưu, thông báo cuối cùng từ một trong các phi công của chuyến bay TransAsia mang số hiệu GE235 là “động cơ gặp sự cố”. Sự cố có thể xảy ra khi việc cung cấp nhiên liệu cho động cơ bị gián đoạn hoặc do lỗi động cơ không đốt được nhiên liệu.