Chiều tối và đêm 16/9, mưa to đến rất to và dông tiếp tục trút xuống khu vực Bắc Trung bộ từ Thanh Hóa đến Thừa Thiên -Huế, kéo nhiệt độ xuống thấp dưới 25 độ C. Đà Nẵng đến Bình Thuận vẫn có mưa rào và dông, riêng khu vực phía Nam có mưa rào rải rác và có nơi có dông, nhiệt độ cao hơn 1 độ C, ở mức 26 độ C.

Đến chiều 16/9, lũ trên các sông ở Hà Tĩnh đang lên nhanh. Mực nước lúc 16 giờ trên sông Ngàn Sâu tại Chu Lễ trên báo động 2 là 0,23m; trên sông Ngàn Phố tại Sơn Diệm còn 0,3m sẽ ở mức báo động 2.

Đêm 16/9, lũ trên các sông ở Hà Tĩnh tiếp tục lên. Các sông ở Quảng Bình có khả năng lên lại. Các tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh Quảng Bình đề phòng nguy cơ xảy ra lũ quét, sạt lở đất và ngập lụt ven sông, ngập úng ở vùng trũng.

Đêm 16/9, vẫn nằm trong vùng tác động của xoáy gió Tây Nam đưa khối lượng ẩm lớn vào nên các tỉnh phía Nam vẫn có mưa, mưa rào và dông rải rác, có khả năng xảy ra tố lốc và gió giật mạnh. Nhiệt độ giảm sâu không vượt quá 26 độ C ở Nam bộ và 24 độ C ở Tây Nguyên.

Trên biển, đêm 16/9, gió mùa Tây Nam hoạt động mạnh ở khu vực Nam biển Đông, bao gồm cả vùng biển quần đảo Trường Sa, vùng biển từ Bình Thuận đến Cà Mau tiếp tục có gió mạnh cấp 5, có lúc cấp 6, giật cấp 7-8 và có mưa dông mạnh; sóng biển cao từ 2-3m, biển động.

Ở vịnh Bắc bộ có gió Đông Bắc mạnh cấp 5, có lúc cấp 6, giật cấp 7 và có mưa dông mạnh; biển động.