Có hai phương pháp khử trùng thông dụng và hiệu quả nếu lượng nước ít. Phương pháp đun sôi là tốt nhất vì tiêu diệt hết vi trùng trong nước.

Phương pháp thứ hai là khử trùng bằng hóa chất nếu không đun sôi được. Dùng hóa chất chlorine (hay còn gọi là thuốc tẩy) và iodine có hiệu nghiệm nhẹ trong việc khử trùng Giardia. Tuy nhiên không hiệu nghiệm trong việc khử trùng Cryptosporidium. Vì vậy, chlorine và iodine chỉ dùng để khử trùng nước giếng (thay vì cho nước sông, hồ, hay suối), vì nước giếng ít có những ký sinh trùng gây bệnh kể trên. Chlorine khử Giardia mạnh hơn là iodine. Tác dụng khử trùng của hai hoá chất này gia tăng nếu dùng trong nước nóng.

Cách dùng: Cho tỷ lệ chlorine, mỗi lít nước cho mười giọt thuốc tẩy. Có thể dùng gấp đôi nếu nước đục hay có màu hoặc lạnh. Nước cần khử trùng phải được khuấy thật kỹ, để yên với nắp đậy trong vòng 30 phút. Nếu không, nên cho thêm một liều nữa, và để yên thêm 15 phút cho thoáng hơi. Nếu nước có mùi thuốc tẩy quá nặng, nên mở nắp vài giờ đồng hồ cho mùi thuốc tẩy bay ra hoặc sang nước nhiều lần từ thùng sạch này sang thùng sạch khác. Đối với iodine cho 5 giọt thuốc iodine 2% vào 1,5 lít nước. Nếu nước đục thì cho 10 giọt và để yên dung dịch ít nhất 30 phút. Có thể mua những viên iodine có đủ liều cần thiết để khử trùng nước uống ở các quầy dược phẩm và bán dụng cụ thể thao.

XM (st)