Theo BCĐ 389 Quốc gia, việc phân biệt phân bón giả, kém chất lượng gặp nhiều khó khăn. Bởi, không thể nhận biết chất lượng phân bón bằng mắt thường. Trong khi đó, việc kiểm định tại các tổ chức giám định được chỉ định có thời gian kéo dài vì vậy không xử lý kịp thời. Cơ quan giám định chỉ chịu trách nhiệm trên mẫu thử, doanh nghiệp còn có quyền kiểm nghiệm lần 2 ở đơn vị khác nhau nên kết quả kiểm nghiệp có thể không kịp thời và khó xử lý sai phạm. 

Ngoài ra, các cơ sở sản xuất kinh doanh nhỏ lẻ thường lợi dụng việc thuê hợp đồng gia công sản xuất phân bón để qua mặt các cơ quan chức năng. Trong quá trình kiểm tra hoạt động kinh doanh phân bón, có nhiều cơ sở kinh doanh nhỏ lẻ khi mua bán phân bón đều chủ quan không yêu cầu bên bán xuất hóa đơn bán hàng, hồ sơ công bố hợp quy của nhà sản xuất dẫn đến cơ quan chức năng gặp khó khăn trong công tác kiểm tra, xử lý.

Đối với phân bón nhập khẩu, các doanh nghiệp thường tự in bao bì theo nội dung của bao bì nhập khẩu, sau đó sang chiết đóng gói lại vào bao loại 25 kg bán ra thị trường làm cho người tiêu dùng không phân biệt được hàng đóng gói trong nước và hàng nước ngoài.

Hiện nay có một số doanh nghiệp sản xuất phân bón vô cơ bằng phương pháp thủ công, không có dây truyền khép kín hiện đại nên chất lượng của lô hàng này khác với chất lượng lô hàng sản xuất trước hoặc trong cùng một lô hàng, cùng ngày sản xuất.

Đối với các trường hợp vi phạm thì việc tạm giữ và bảo quản tang vật gặp rất nhiều khó khăn do không có riêng biệt vì thường thì cơ quan kiểm tra không có kho đủ điều kiện để bảo quản phân bón được tạm giữ mà phải đi thuê ngoài. Tuy nhiên, chi phí việc thuê kho để tạm giữ bảo quản tang vật thì phải dự trù từ đầu năm mà khoản chi phí này thì rất khó để dự tính trước được.

Theo kết quả khảo sát của Văn phòng Thường trực BCĐ 389 Quốc gia, thực trạng các cơ sở sản xuất phân bón trên một số địa bàn trọng điểm như: TP. Hồ Chí Minh thời gian qua vẫn tồn tại và phát sinh bất cập về địa điểm, nhà xưởng sản xuất và công tác bảo vệ môi trường. Một số cơ sở sản xuất không đủ điều kiện, lấn chiếm đất đai, kênh rạch, nhà xưởng xuống cấp gây ô nhiễm môi trường, một số cơ sở sản xuất phân bón không có giấy phép vẫn còn tồn tại. Một số cơ sở dù có giấy phép sản xuất phân bón nhưng chưa đáp ứng được yêu cầu về công tác bảo vệ môi trường; chưa xây dựng hệ thống xử lý khí thải, bụi phá tán mùi hôi; chưa có biện pháp xử lý triệt để nước thải từ công đoạn vệ sinh thiết bị, dụng cụ, nhà xưởng; không vận hành hệ thống xử lý khí thải, nước thải.

Hầu hết, các vi phạm bị phát hiện trong thời gian qua là: Sản xuất phân bón khi chưa được cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép sản xuất phân bón; kinh doanh hàng hóa nhập lậu; kinh doanh hàng hóa không rõ nguồn gốc, xuất xứ; không thực hiện công bố hợp quy trong sản xuất sản phẩm; kinh doanh hàng hóa nhập khẩu có nhãn gốc bằng tiếng nước ngoài nhưng không có nhãn phụ bằng tiếng Việt Nam; nhãn ghi không đủ nội dung bắt buộc; bán hàng hóa giả mạo nhãn hiệu...

Để công tác đấu tranh chống phân bón giả, kém chất lượng, BCĐ 389 một số địa phương kiến nghị Chính phủ sớm sửa đổi, bổ sung phân định rõ thẩm quyền việc quản lý phân bón vô cơ, hữu cơ, phân bón khác. Các cơ quan kiểm nghiệm, giám định kết luận các mẫu thử mang tính trách nhiệm, không nên cùng một mẫu thử mà lần này cho kết quả không đạt, lần sau cho kết quả đạt và qua giám định, kiểm nghiệm phải chịu trách nhiệm dân sự về kết quả giám định, kiểm nghiệm của cơ quan, đơn vị, cá nhân do cơ quan mình quản lý.