Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh đánh giá, sau 20 năm chuyển đổi từ cơ chế hoạt động từ ngân sách sang cơ chế tự chủ chi thường xuyên tại các bệnh viện công lập đã giúp một số bệnh viện trên địa bàn Thành phố phát triển khá toàn diện về mọi mặt, cả về chuyên môn kỹ thuật lẫn cơ sở hạ tầng, trang thiết bị… Tuy nhiên, cũng còn không ít bệnh viện gặp khó khăn, nhất là trong cân đối chênh lệch thu - chi, ảnh hưởng trực tiếp đến sự phát triển chuyên môn kỹ thuật, cơ sở hạ tầng và thu nhập của nhân viên y tế, từ đó khó giữ chân các thầy thuốc giỏi, gây nên hiện tượng nhân viên y tế công lập nghỉ việc tăng cao sau đại dịch COVID-19.

Do đó, Sở Y tế kiến nghị UBND Thành phố Hồ Chí Minh duy trì cơ chế hỗ trợ nguồn ngân sách bổ sung cho quỹ cải cách tiền lương đủ để thực hiện Nghị quyết 03/2018/NQ-HĐND (quy định chi thu nhập tăng thêm cho cán bộ, công chức, viên chức thuộc khu vực quản lý nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội và đơn vị sự nghiệp công lập do Thành phố quản lý) đối với các bệnh viện gặp khó khăn về chênh lệch thu - chi (không đủ nguồn để chi thu nhập tăng thêm cho nhân viên), giúp cho nhân viên y tế an tâm công tác và các bệnh viện ổn định lại trong giai đoạn sau đại dịch COVID-19 như hiện nay. 

Cùng với đó, UBND Thành phố cần kiến nghị Bộ Y tế sớm ban hành cơ chế chính sách trong xây dựng kết cấu giá dịch vụ khám, chữa bệnh theo hướng tính đúng, tính đủ, bổ sung tiền thuế đất vào giá dịch vụ khám, chữa bệnh. Trong thời gian chờ bổ sung, ngân sách hỗ trợ các bệnh viện công lập đóng khoản tiền thuế đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2013.

Cùng với đó là cơ chế hỗ trợ các bệnh viện công lập được phép tự tổ chức cung ứng các dịch vụ tiện ích phục vụ người bệnh và thân nhân người bệnh trong khuôn viên của các bệnh viện (như bãi giữ xe, căng tin…). Bệnh viện tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về các hoạt động này, bao gồm cả hình thức tự tổ chức thực hiện hay đấu giá thực hiện.

Thành phố xem xét và thí điểm cơ chế về điều tiết quỹ phát triển sự nghiệp trong khối các bệnh viện công lập, giữa các bệnh viện có số dư cao ngoài nhu cầu phát triển của bệnh viện và bệnh viện đang gặp nhiều khó khăn có nguồn trích lập thấp không đủ đáp ứng yêu cầu phát triển cơ bản của bệnh viện.

UBND Thành phố cần thành lập Hội đồng tư vấn tự chủ bệnh viện giúp hướng dẫn, tư vấn những vấn đề vướng mắc liên quan đến hoạt động tự chủ tài chính của các bệnh viện; đồng thời tham mưu với lãnh đạo Thành phố những giải pháp giải quyết vướng mắc liên quan đến hoạt động của các bệnh viện. Thành viên Hội đồng tư vấn bao gồm đại lãnh đạo các Sở: Y tế, Tài chính, Kế hoạch - Đầu tư, Tư pháp...

Ngoài ra, Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh kiến nghị Thành phố cho phép ngành Y tế triển khai thí điểm chuyển đổi mô hình cấu trúc quản lý bệnh viện tương ứng với loại hình tự chủ của bệnh viện, như Hội đồng quản lý 2 cấp thay vì chỉ có Ban Giám đốc bệnh viện như hiện nay. Theo Sở Y tế, có thể chọn Bệnh viện Mắt triển khai thí điểm mô hình này sau khi đã thí điểm thi tuyển chức danh Giám đốc bệnh viện.