Năm 2005, vịnh Nha Trang đã được Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) công nhận là danh thắng cấp quốc gia trước đó 2 năm, Tổ chức “Câu lạc bộ các vịnh đẹp nhất thế giới” đã kết nạp vịnh Nha Trang là thành viên thứ 29. Đây là quy chế mới, thay thế quy chế cũ được ban hành từ năm 2012, do có nhiều nội dung cần bổ sung, sửa đổi để phù hợp với yêu cầu đặt ra hiện nay trong công tác quản lý các hoạt động trên vịnh Nha Trang.

Theo quy chế, ranh giới vịnh Nha Trang được giới hạn từ mũi Kê Gà đến mũi Cù Hin, bao gồm: diện tích mặt biển và diện tích các đảo nằm trong vịnh. Các nội dung phối hợp gồm: xúc tiến quảng bá di sản, khắc phục sự cố ô nhiễm, suy thoái môi trường và phát huy các giá trị vịnh Nha Trang; quản lý di sản, đầu tư xây dựng công trình phục vụ công tác bảo tồn, phát huy di sản; kiểm tra, xử lý các hành vi vi phạm pháp luật các tổ chức, cá nhân trên vịnh Nha Trang theo thẩm quyền; tuyên truyền, phổ biến, giáo dục ý thức bảo vệ tài nguyên, môi trường đa dạng sinh học vịnh Nha Trang.

Quy chế cũng phân công nhiệm vụ cụ thể cho các sở, ngành của tỉnh và thành phố Nha Trang trong công tác phối hợp. Theo đó, UBND thành phố Nha Trang được giao nhiệm vụ chủ trì, phối hợp với các sở, ngành liên quan tổ chức các hoạt động tuyên truyên giáo dục nâng cao nhận thức cho cộng đồng; tuyên truyền vận động người dân, du khách, chủ các phương tiện tàu thuyền nâng cao nhận thức về bảo vệ tài nguyên, môi trường biển và hải đảo.

UBND thành phố Nha Trang cũng được giao nhiệm vụ phòng chống lụt, bão, tìm kiếm cứu nạn, ứng phó, khắc phục sự cố tràn dầu trên vịnh Nha Trang; hướng dẫn các tổ chức, cá nhân thực hiện quy chế này và các quy định khác có liên quan; chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan trong công tác tuần tra kiểm soát, ngăn chặn, xử lý các hành vi vi phạm hành chính của các tổ chức cá nhân trên vịnh; phối hợp với các sở, ngành liên quan tham mưu UBND tỉnh trong công tác quy hoạch, xây dựng cơ chế chính sách quản lý vịnh Nha Trang...

Vịnh Nha Trang là vịnh biển lớn thứ hai sau vịnh Vân Phong của tỉnh Khánh Hòa, với diện tích khoảng 400 km2. Vịnh có 19 đảo lớn nhỏ, trong đó đảo Hòn Mun là nơi thiết lập khu bảo tồn biển đầu tiên ở Việt Nam với những rạn san hô và quần thể sinh vật biển phong phú. Vịnh Nha Trang đã, đang là khu vực phát triển du lịch bậc nhất của tỉnh Khánh Hòa.