Theo kết luận, Bộ Ngoại giao đã ban hành các văn bản chỉ đạo, tổ chức sắp xếp bộ máy, trụ sở và nơi làm việc sau sáp nhập. Bộ cũng giao Cục Quản trị - Tài vụ làm đầu mối quản lý các cơ sở nhà, đất. Năm 2025, Bộ Ngoại giao đã tổng kiểm kê tài sản, xác định lại giá trị quyền sử dụng đất và cập nhật vào cơ sở dữ liệu quốc gia về tài sản công.

Kết luận thanh tra nêu rõ những kết quả đạt được, đồng thời chỉ ra những tồn tại, hạn chế trong việc quản lý, khai thác tài sản công, gây lãng phí nguồn lực quốc gia.

Theo kết luận thanh tra, tính đến ngày 30/4/2026, Bộ Ngoại giao đang quản lý 233 cơ sở nhà, đất. Dù đã có nhiều cố gắng trong việc kiểm kê, xác định giá trị quyền sử dụng đất và cập nhật lên cơ sở dữ liệu quốc gia, nhưng thực tế việc xử lý các cơ sở dôi dư, chậm đưa vào sử dụng vẫn còn nhiều bất cập.

Bộ Ngoại giao chưa ban hành văn bản chỉ đạo các đơn vị trực thuộc rà soát, lập danh mục nhà, đất thuộc phạm vi sắp xếp theo quy định. Điển hình là cơ sở số 07B ngõ Phan Chu Trinh (Hà Nội), với diện tích 253m². Cơ sở này dù đã được xác định dôi dư và có phương án chuyển giao cho UBND thành phố Hà Nội từ tháng 4/2025, nhưng đến thời điểm thanh tra vẫn chưa hoàn thành việc chuyển giao.

Tại số 120 Trần Quốc Hoàn (Hà Nội), cơ sở nhà, đất này được cấp hai giấy chứng nhận quyền sử dụng đất: Văn phòng Bộ quản lý 22.700,3 m² và Trung tâm V75 quản lý 3.000 m². Sau khi điều chuyển 13.089 m² sang Học viện Ngoại giao, phần diện tích còn lại 6.000 m² Bộ Ngoại giao chưa xây dựng phương án sắp xếp để sử dụng từ tháng 7/2025 theo Nghị định 03/2025. Diện tích 700 m² gồm khu nhà công vụ hiện có 17 hộ dân sinh sống lâu năm, vẫn chưa có phương án xử lý dứt điểm.

Công tác quản lý tại Cục Phục vụ ngoại giao đoàn cũng bộc lộ nhiều tồn tại, hạn chế. Điển hình là cơ sở số 2 ngõ 294 Kim Mã (Hà Nội), diện tích 9.563 m², đã bị bỏ trống từ tháng 2/2017. Đến tháng 5/2026, đơn vị mới tổ chức đấu giá quyền thuê nhưng đến tháng 6/2026 vẫn chưa ký được hợp đồng.

Ngoài ra, việc cho thuê nhà tại một số cơ sở cũng xảy ra tình trạng vi phạm hợp đồng hoặc không thu hồi được công nợ. Đáng chú ý, cơ sở 154 Quán Thánh (Hà Nội) hiện vẫn tồn đọng khoản nợ 7,952 tỷ đồng từ Công ty cổ phần Mekong One Hà Nội mà chưa có biện pháp quyết liệt để thu hồi. Kết luận thanh tra xác định, Cục Phục vụ ngoại giao đoàn còn thu sai quy định số tiền hơn 42,3 tỷ đồng từ việc cho khách thuê sử dụng cơ sở nhà, đất khi đã hết hạn hợp đồng thuê.

Để khắc phục những tồn tại, hạn chế, sai phạm nêu trên, Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ Ngoại giao khẩn trương rà soát, làm rõ trách nhiệm của từng tổ chức, cá nhân liên quan để xử lý nghiêm theo quy định pháp luật. Cùng với đó, Bộ chỉ đạo các đơn vị trực thuộc lập danh mục nhà, đất chi tiết để quản lý theo đúng quy định tại Nghị định số 03/2025.

Đối với Cục Phục vụ ngoại giao đoàn, Thanh tra Chính phủ yêu cầu nộp ngân sách nhà nước số tiền hơn 42,3 tỷ đồng thu không đúng quy định. Đồng thời, Cục cần quyết liệt thực hiện các biện pháp thu hồi khoản nợ 7,952 tỷ đồng tại số 154 Quán Thánh (Hà Nội) và khẩn trương xây dựng phương án sử dụng hiệu quả đối với các cơ sở đang bỏ trống.

Thanh tra Chính phủ kiến nghị Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Ngoại giao trình Chính phủ xây dựng Nghị định thay thế Nghị định số 90/2022, nhằm mở rộng phạm vi và đưa ra các quy định đặc thù để khai thác hiệu quả tài sản công, tránh tình trạng lãng phí như thời gian qua.