Căn cứ vào các tài liệu thu thập được, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã chuyển hồ sơ đến Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đề nghị truy tố 35 bị can. Trong đó, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố vắng mặt đối với bị can: Nguyễn Công Minh (sinh năm 1972 tại Hà Tĩnh; Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng Công ty cây xanh Công Minh; nơi thường trú: khu phố Tân Trà 1, phường Tân Bình, thành phố Đồng Xoài, tỉnh Bình Phước (nay thuộc phường Bình Phước, tỉnh Đồng Nai). Hiện Nguyễn Công Minh bỏ trốn ra nước ngoài; đang bị truy nã.

Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an cũng đề nghị truy tố các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh và giám đốc các công ty trong hệ thống thuộc Tổng Công ty cây xanh Công Minh; một số cựu cán bộ các cơ quan, đơn vị.

Theo cơ quan điều tra, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp, xảy ra tại nhiều tỉnh, thành phố trên cả nước, được dư luận xã hội đặc biệt quan tâm. Đối tượng chủ mưu trong vụ án là Nguyễn Công Minh đã dùng nhiều thủ đoạn tinh vi, từ thông thầu, gian lận khi lập hồ sơ năng lực, đến câu kết với một số cá nhân có thẩm quyền để doanh nghiệp trong hệ thống Tổng Công ty cây xanh Công Minh do Minh quản lý, điều hành, được trúng thầu; từ đó nâng giá vật liệu nhằm trục lợi, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng cho tài sản của Nhà nước. Những hành vi này không chỉ gây thất thoát cho tài sản Nhà nước mà còn làm ảnh hưởng xấu đến môi trường cạnh tranh, giảm niềm tin của xã hội vào sự quản lý kinh tế của Nhà nước trong lĩnh vực đấu thầu. Hiện Nguyễn Công Minh đã bỏ trốn ra nước ngoài, gây nhiều khó khăn cho công tác điều tra vụ án của Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an.

Căn cứ vào các tài liệu thu thập được, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an xác định, với vai trò là Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng Công ty cây xanh Công Minh, Nguyễn Công Minh đã thành lập, mua lại nhiều doanh nghiệp để xây dựng thành hệ thống Tổng Công ty do mình quản lý, điều hành, mặc dù các doanh nghiệp độc lập về mặt pháp lý, không có việc góp vốn theo quy định của Luật Doanh nghiệp. Sau đó, Nguyễn Công Minh đã chỉ đạo các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh và giám đốc các công ty trong hệ thống Tổng Công ty cây xanh Công Minh làm sai, vi phạm các quy định về đấu thầu trong quá trình thực hiện các dự án trồng, chăm sóc cây xanh trên địa bàn 38 tỉnh/thành phố (cũ), đến nay xác định gây thiệt hại cho Nhà nước trên 395 tỷ đồng.

Cũng theo kết luận điều tra, bị can Lê Thị Hòa, với vai trò là Phó Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng Công ty cây xanh Công Minh, kiêm Giám đốc Công ty TNHH cây xanh Công Minh đã giúp sức tích cực cho Minh trong việc hướng dẫn, chỉ đạo các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh và giám đốc các công ty trong hệ thống Tổng Công ty cây xanh Công Minh làm sai, vi phạm các quy định về đấu thầu trong quá trình thực hiện các dự án trồng, chăm sóc cây xanh trên địa bàn 38 tỉnh/thành phố (cũ).

Bị can Ngô Thị Ngọc Lý là Trưởng Ban pháp lý kiêm Kế toán trưởng Tổng Công ty cây xanh Công Minh, kế toán của Công ty TNHH cây xanh Tây Nguyên, Giám đốc Công ty TNHH Công Minh Cây Xanh, đã giúp sức cho bị can Minh quản lý, theo dõi, đôn đốc khu vực chuyển tiền theo định mức đã thỏa thuận; hướng dẫn các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh và giám đốc các công ty trong hệ thống Tổng Công ty cây xanh Công Minh làm sai, vi phạm các quy định về đấu thầu trong quá trình thực hiện các dự án trồng, chăm sóc cây xanh trên địa bàn 38 tỉnh/thành phố (cũ).