Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024 và có hiệu lực từ 1/7/2025. Tuy nhiên quá trình thực hiện, Chính phủ, Bộ Tài chính nhận được kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, các hiệp hội ngành hàng, doanh nghiệp phản ánh vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng đặc biệt là đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi, điều kiện hoàn thuế.

Cụ thể, doanh nghiệp phải trả thuế giá trị gia tăng 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại. Số thuế giá trị gia tăng thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê,…) dẫn đến lãng phí thời gian và đọng vốn của doanh nghiệp trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.

Theo số liệu ước tính của một số ngành trong lĩnh vực nông nghiệp thì số thuế giá trị gia tăng 5% mà các doanh nghiệp phải nộp trong 06 tháng cuối năm 2025 như sau: Hiệp hội Cà phê – Ca cao Việt Nam khoảng 5.000 tỷ đồng, Hiệp hội Lương thực Việt Nam khoảng 2.016 tỷ đồng, Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị Việt Nam khoảng 2.162 tỷ đồng.

Một bất cập khác là sự chênh lệch trong xử lý thuế giữa nông sản, thủy sản trong nước và hàng nhập khẩu, khi nông sản nhập khẩu được miễn thuế giá trị gia tăng còn nông sản nội địa lại chịu thuế ở khâu thương mại. Bên cạnh đó, quy định về thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế khiến doanh nghiệp không được khấu trừ hay hoàn thuế đầu vào, đẩy chi phí sản xuất tăng lên và ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi, quy định này chưa đảm bảo công bằng và có thể làm giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu do thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế giá trị gia tăng.

Doanh nghiệp xuất khẩu cũng gặp khó khi quy định hiện hành yêu cầu chỉ được hoàn thuế nếu người bán đã kê khai và nộp thuế. Trên thực tế, người mua không có công cụ để kiểm tra việc người bán đã thực hiện nghĩa vụ thuế hay chưa, dẫn đến tình trạng hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài, gây rủi ro và ảnh hưởng đến dòng tiền phục vụ sản xuất.

Trên cơ sở lắng nghe, nghiêm túc nghiên cứu kỹ lưỡng phản ánh, kiến nghị của các hiệp hội, doanh nghiệp và Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Tài chính thấy rằng đây là vấn đề cấp bách, vướng mắc, bất cập của Luật Thuế giá trị gia tăng, cần phải kịp thời sửa đổi, bổ sung. Bên cạnh đó, tình hình mưa bão, lũ lụt vẫn diễn biến phức tạp, gây ảnh hưởng nặng nề đến hầu hết các hoạt động kinh tế xã hội, trong đó có lĩnh vực nông nghiệp, chăn nuôi ở nhiều khu vực trên cả nước. Do vậy, cần thiết phải sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 để góp phần khắc phục hậu quả bão lũ, sớm khôi phục hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt là trong lĩnh vực nông nghiệp, tháo gỡ “điểm nghẽn” trong hoàn thuế giá trị gia tăng.

Căn cứ quy định tại khoản 2 Điều 26 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật, ngày 26/11/2025, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã thay mặt Chính phủ trình Quốc hội Tờ trình số 1090/TTr-CP, đề xuất sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Dự thảo Luật sửa đổi tập trung vào ba nhóm nội dung quan trọng. Theo đó, đưa lại quy định không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường mua bán ở khâu thương mại.

Bộ Tài chính cho biết, với quy định này doanh nghiệp không phải trả thuế giá trị gia tăng 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại, khắc phục tình trạng số thuế giá trị gia tăng thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê,…), giúp giảm áp lực tài chính và tăng hiệu quả kinh doanh cho doanh nghiệp.

Ngoài ra, sửa đổi quy định về chính sách thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi để thực hiện theo quy định của pháp luật về thức ăn chăn nuôi. Với việc sửa đổi quy định này cơ sở sản xuất kinh doanh thức ăn chăn nuôi không phải trả thuế giá trị gia tăng 5% nêu trên, doanh nghiệp sẽ giảm được chi phí sản xuất từ đó tăng khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu.

Cùng với đó là bỏ quy định về điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng là người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế. Quy định này sẽ góp phần rút ngắn thời gian hoàn thuế, việc hoàn thuế đối với cơ sở xuất khẩu được thực hiện theo quy định mà không phải chờ, xác định được là người bán đã kê khai, nộp thuế.