Tòa phúc thẩm chấp nhận một phần kháng cáo, giảm án cho các bị cáo; trong đó tuyên phạt: bị cáo Nguyễn Thanh Phong (cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) 16 năm 6 tháng tù (án sơ thẩm 20 năm tù); bị cáo Trần Việt Nga (cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) 12 năm tù (án sơ thẩm 15 năm tù), cùng về tội "Nhận hối lộ".

Hai cựu Phó Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm cũng được giảm án, gồm: bị cáo Nguyễn Hùng Long 9 năm 6 tháng năm tù (án sơ thẩm 12 năm tù) và Đỗ Hữu Tuấn 3 năm 6 tháng tù (án sơ thẩm 7 năm tù).

Tòa chấp nhận một phần kháng cáo, giảm án cho bị cáo Lê Hoàng (cựu Cục phó Cục Phòng bệnh, Bộ Y tế - chồng bị cáo Trần Việt Nga) xuống còn 3 năm tù về tội "Nhận hối lộ" (án sơ thẩm 5 năm tù).

Các bị cáo còn lại đều được giảm một phần hình phạt tù hoặc chuyển từ tù giam sang tù treo, có bị cáo được tuyên bằng thời hạn tạm giam trả tự do tại tòa.

Hội đồng xét xử đánh giá, tại phiên tòa phúc thẩm, các bị cáo có kháng cáo đều thừa nhận hành vi và tội danh như bản án sơ thẩm đã tuyên. Các bị cáo chỉ kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt và xin được hưởng án treo. Lời trình bày của các bị cáo tại phiên tòa phúc thẩm phù hợp với lời khai của các bị cáo tại cơ quan điều tra và phiên tòa sơ thẩm, và phù hợp với các tài liệu, chứng cứ có trong hồ sơ vụ án đã được thẩm tra tại phiên tòa

Có đủ căn cứ xác định rằng, trong thời gian từ năm 2018 đến 2025, Nguyễn Thanh Phong cùng các bị cáo tại Cục An toàn thực phẩm đã thực hiện hành vi nhận tiền của các cá nhân, doanh nghiệp khi thực hiện thẩm định cấp giấy tiếp nhận và đăng ký bản công bố sản phẩm, thẩm định giấy xác nhận nội dung quảng cáo và thẩm định hậu kiểm cấp giấy chứng nhận GMP cho các cá nhân, doanh nghiệp. 

Hội đồng xét xử phúc thẩm đánh giá, bị cáo Nguyễn Thanh Phong, Trần Việt Nga cùng 32 cấp dưới tại Cục An toàn thực phẩm đã nhận hối lộ từ các cá nhân, doanh nghiệp với tổng số tiền 93,7 tỷ đồng. Về hưởng lợi, Tòa xác định bị cáo Phong nhận hối lộ nhiều nhất với tổng số tiền hơn 43,9 tỷ đồng; bị cáo Nga nhận hơn 8,2 tỷ đồng.

Trong vụ án, bị cáo Nguyễn Thanh Phong và Trần Việt Nga giữ vai trò cao nhất, quyết định việc nhận tiền ngoài lệ phí quy định. Trong đó, bị cáo Nga có vai trò thấp hơn vì tại thời điểm chỉ đạo cấp dưới cho chuyên viên thu tiền của doanh nghiệp, bị cáo mới là Phó cục trưởng. Thời điểm này, Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong đã có chủ trương cho chuyên viên nhận "tiền ngoài". Do vậy, bị cáo Trần Việt Nga đã "mặc nhiên tiếp nhận ý chí" của ông Phong về việc thu tiền của doanh nghiệp nên có vai trò thấp hơn. Với các chuyên viên của Cục An toàn thực phẩm thực hành theo chỉ đạo, giữ vai trò thứ yếu nhưng các bị cáo đã thực hiện tích cực.

Tòa phúc thẩm nhận định, cấp sơ thẩm đã xem xét rất nhiều tình tiết giảm nhẹ; còn tại phiên phúc thẩm các bị cáo nộp thêm tài liệu chứng cứ, điều này cho thấy họ thực sự ăn năn, hối lỗi. Hội đồng xét xử cũng cho biết, toàn bộ số tiền thu lợi bất chính của bị cáo đã nộp ngân sách nhà nước; một số bị cáo tự nguyện nộp thêm để góp phần khắc phục chung cho hành vi phạm tội.

Các bị cáo xuất trình thêm nhiều tình tiết mới, như bị cáo Nguyễn Thanh Phong nộp thêm các bằng khen, giấy khen trong công tác, huân chương lao động; bị cáo tham gia các hoạt động từ thiện xã hội, cứu người trong tình huống khẩn cấp. Bị cáo còn được nhiều đơn vị, tập thể lớp học, bạn bè có đơn đề nghị tòa giảm nhẹ hình phạt… Ngoài ra, bị cáo Nguyễn Thanh Phong cho biết đã khắc phục toàn bộ hậu quả trước khi phiên tòa sơ thẩm. Bị cáo cũng tự nguyện sung quỹ nhà nước để khắc phục cho những bị cáo khác là 70 triệu đồng.

Bị cáo Trần Việt Nga đã nộp tại cấp phúc thẩm là hơn 1,9 tỷ đồng; bị cáo cung cấp thêm các tài liệu mới có nhiều thành tích, khen thưởng trong công tác, tham gia nhiều hoạt động thiện nguyện… Các bị cáo khác cũng xuất trình các tình tiết mới như được Bộ Y tế, Cục An toàn thực phẩm có đơn xin áp dụng chính sách khoan hồng với các bị cáo để Tòa phúc thẩm xem xét.

Cũng tại phiên phúc thẩm, Hội đồng xét xử đã làm rõ hơn mục đích, động cơ khi các bị cáo nhận tiền của các doanh nghiệp khi làm thủ tục thẩm định, cấp Giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm; Giấy xác nhận nội dung quảng cáo; thẩm định, hậu kiểm cấp Giấy chứng nhận GMP.

Trong đó, Hội đồng xét xử cũng ghi nhận việc bị cáo Nguyễn Thanh Phong trình bày mục đích cho thu tiền ngoài quy định không phải bỏ qua sai phạm mà luôn chỉ đạo cấp dưới chỉ cấp phép cho hồ sơ đủ điều kiện. Thực tế, có nhiều hồ sơ không đưa tiền vẫn được cấp phép. Kết quả kiểm tra của cơ quan chức năng cho thấy, không phát hiện hồ sơ nào không đầy đủ giấy tờ mà vẫn được cấp phép chỉ vì đưa tiền; việc nhận tiền là do các chuyên viên giúp doanh nghiệp hoàn thiện hồ sơ.

Về việc Viện Kiểm sát đề nghị bỏ áp dụng tình tiết phạm tội nhiều lần theo điểm g, khoản 1 điều 52 Bộ luật Hình sự về "phạm tội 2 lần trở lên" khi áp dụng hình phạt, Hội đồng xét xử đồng tình vì thấy đây đã là tình tiết định khung với các bị cáo nên không thể tiếp tục áp dụng làm tình tiết tăng nặng trách nhiệm hình sự. Căn cứ Nghị quyết của Hội đồng thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao và quy định liên quan, Hội đồng xét xử quyết định bỏ tình tiết tăng nặng theo điểm g khoản 1 điều 52 với tất cả bị cáo trong vụ án này.